Руководить Церковью ему пришлось среди всеобщей церковной разрухи, без вспомогательных органов управления, в обстановке внутренних расколов и потрясений, вызванных всевозможными «обновленцами» и «автокефалистами» (раскольниками). Ситуация осложнялась и внешними обстоятельствами: сменой политического строя и приходом к власти богоборческих сил, голодом, Гражданской войной. Своим исключительно высоким нравственным и церковным авторитетом патриарх смог собрать воедино распыленные и обескровленные церковные силы. Святейший проявил себя верным служителем и исповедником неповрежденных и неискаженных заветов истинной Православной Церкви. Он являлся живым олицетворением Православия, что бессознательно подчеркивали даже враги Церкви, называя ее членов «тихоновцами».
Несмотря на гонения, святитель Тихон продолжал принимать народ в Донском монастыре, где он уединенно жил, и люди шли нескончаемым потоком, приезжая часто издалека или пешком преодолевая тысячи верст. Последний мучительный год своей жизни он, преследуемый и больной, неизменно служил по воскресным и праздничным дням. Прославление святителя Тихона, патриарха Московского и всея Руси, произошло на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 9 октября 1989 года, в день преставления Апостола Иоанна Богослова, и многие видят в этом Промысл Божий. «Дети, любите друг друга! – говорит в последней проповеди Апостол Иоанн. – Это заповедь Господня, если соблюдете ее, то и довольно». В унисон звучат последние слова патриарха Тихона: «Чадца мои! Все православные русские люди! Все христиане! Только на камени врачевания зла добром созиждется нерушимая слава и величие нашей Святой Православной Церкви, и неуловимо даже для врагов будет Святое имя ее, чистота подвига ее чад и служителей. Следуйте за Христом! Не изменяйте Ему. Не поддавайтесь искушению, не губите в крови отмщения и свою душу. Не будьте побеждены злом. Побеждайте зло добром!»
24 ноября 1918 года был подвергнут домашнему аресту, а в его квартире был произведен обыск. 6 января 1919 года (под Рождество Христово) освобожден из-под стражи.
25 сентября 1919 года он издал Послание с требованием к духовенству не вступать в политическую борьбу.
В течение 1920 года подвергался неоднократным домашним арестам.
Летом 1921 года разразился голод в Поволжье. В августе патриарх Тихон обратился с Посланием о помощи голодающим, направленным ко всем русским людям и народам Вселенной, и благословил добровольное пожертвование церковных ценностей, не имеющих богослужебного употребления. Он обратился к зарубежным христианам за помощью и помощь пришла! По свидетельствам современных историков, церковью было собрано 9 млн рублей, вдвое больше, чем за всю кампанию по изъятию церковных ценностей. Причем, эти средства (5 млн руб.) не дошли до голодающих, а были истрачены на содержание многочисленного Помгола и репрессивного аппарата, проводившего изъятие.
Патриарх не мог одобрить такого изъятия, выразив свое негативное отношение к происходящему произволу в Послании, тем более, что у многих возникли сомнения в том, что все ценности пойдут на борьбу с голодом. На местах насильственное изъятие вызвало повсеместное народное возмущение. По России прошло до двух тысяч процессов и расстреляно более десяти тысяч верующих.
6 мая 1922 года патриарха арестовали по обвинению в «сопротивлении изъятию церковных ценностей» и заключили под домашний арест на Троицком подворье, затем перевели в московский Донской монастырь, а затем поместили во внутреннюю тюрьму ОГПУ на Лубянке.
27 июня 1923 года освободили из-под стражи, 21 марта 1924 года следственное дело патриарха Тихона было прекращено.
9 декабря 1924 года в покоях свт. Тихона в Донском монастыре неизвестными был расстрелян Полозов Яков Анисимович (см. Приложение, стр. 633), келейник патриарха. По наиболее распространенной версии, это была неудачная попытка покушения на патриарха, по другой версии – убийцы устранили верного патриарху человека, чтобы на его место поставить более сговорчивого, для оказания давления на свт. Тихона.
23 марта 1925 года свт. Тихон совершил последнюю Божественную литургию в церкви Большого Вознесения, а в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы 7 апреля 1925 года в 11 час. 45 мин. в Москве, в лечебнице Бакуниных на Остоженке почил с молитвой на устах[63]
.На погребении присутствовало 59 епископов, количество людей пришедших перед этим проститься с великим патриархом исчислялось сотнями тысяч.
Патриарх был погребен в Донском монастыре и вскоре по Москве поползли слухи, что власти вскрыли захоронение, и гроб с телом патриарха увезли. Находились свидетели, видевшие как ночью, вскоре после похорон, что-то тайно вывозили в сопровождении охраны. С годами убеждение, что тело патриарха уничтожено, стало всеобщим.
9 октября 1989 года был канонизирован на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви для общецерковного почитания.