Святитель много сил и энергии тратил на строительство. В Вознесенском монастыре был сооружен каменный соборный храм во имя Вознесения Господня, в который в 1805 году были перенесены мощи святителя Иннокентия, в Знаменском женском монастыре сооружен каменный храм во имя Знамения Божией Матери. В самом городе построены были четыре храма, и при Богоявленском соборе устроен придел во имя Казанской иконы Божией Матери, в котором впоследствии был погребен сам строитель – святитель Софроний. Построен был также каменный архиерейский дом с каменной же вокруг него оградой. Консистория, помещавшаяся в Вознесенском монастыре, была переведена в Иркутск, в новое здание.
Святителем прилагалось всяческое старание к открытию новых приходов, снабжению церквей приличной утварью, ризницей, устройству колокольного звона, лучшей постановке в церквах пения.
Архипастырские труды владыки сочетались с истинно подвижническим образом его жизни. Питался он скудно, спал на какой-нибудь коже на полу, непрестанно молился.
Щедрость святителя Софрония не знала границ. Его жилище и весь Вознесенский монастырь были переполнены больными, бездомными, сиротами. Народ шел к нему тысячами.
Святитель скончался 30 марта 1771 года во втором часу по полудни. После кончины, пришедшейся на второй день Святой Пасхи, прикрытый крышкой гроб с телом святителя целых шесть месяцев и десять дней простоял поверх пола в устроенном им Казанском приделе Иркутского собора. Все это время тело оставалось нетленным. И вскоре же от гроба святителя начались чудеса и исцеления больных. Таких чудес, только записанных и проверенных, еще до канонизации святителя насчитывалось шестьдесят восемь.
К его могиле стали приходить не только жители Иркутска и Забайкалья, но и страждущие и больные со всей Сибири.
8 марта 1909 года особой комиссией было произведено официальное освидетельствование останков святителя, причем обнаружилось, что через сто тридцать восемь лет, несмотря на близость к воде (рядом протекает река Ангара), несмотря на постоянную сырость в пещере и под полами собора, особенно в летнее время, гроб, одеяние и тело святителя Софрония сохранились нетленными.
В 1909 году в Иркутске состоялся Миссионерский съезд, который своим постановлением выразил желание ходатайствовать о прославлении святителя Софрония перед Святейшим Синодом. В следующем году 19 марта иркутский архиепископ Тихон (Донебин) обратился в Синод со своим личным ходатайством. В 1914 году архиепископ Иркутский Серафим сделал Синоду подробный доклад о житии и чудесах, исходящих от нетленных мощей святителя Софрония.
Однако прославление святителя состоялось лишь в 1918 году.
От неустановленной причины в храме произошел пожар, уничтоживший гробницу и нетленные мощи святителя Софрония. Знаменательно, что это событие совпало со днем хиротонии святителя, бывшем в 1753 году, и с новым праздником будущей безбожной власти – Первомаем (18 апреля по старому стилю), в то время уже достаточно широко и по-своему празднуемым – с пьянками, драками и «красными петухами», как тогда называли пожары.
Особая комиссия из духовных лиц, мирян, представителей судебной власти, экспертов-медиков и одного химика освидетельствовала прах и кости святителя, сохранившиеся после пожара, и благоговейно сложила останки в специальный ковчежец.
Сразу после пожара во много раз выросло число его почитателей, увеличилось количество панихид, уже перед ковчежцем. По рукам богомольцев и раньше ходили подписные листы с требованием скорейшего прославления угодника Божия, теперь их количество значительно увеличилось. Выросло число заявлений о новых чудесах и знамениях, совершившихся по молитвенному предстательству святителя, причем многие из тех, кто пережил подобное чудесное явление, свидетельствовали об этом на Иркутском епархиальном съезде перед всеми собравшимися. В адрес съезда поступили обращения из других епархий с поддержкой стремления иркутян к прославлению святителя Софрония. Обращения поступали не только из Сибири, но и из далекой Тверской, Киевской и других епархий.
Это ходатайство перед Святейшим Синодом было возбуждено и передано оттуда в совет Всероссийского Священного Собора. Кроме донесения высокопреосвященного Иоанна Иркутского Собору были представлены все обращения и заявления с описанием чудес, проверенных специальной комиссией, листы с подписями свыше 18 000 человек.
Собор епископов нашел благовременным осуществить благочестивое желание многочисленных почитателей памяти в Бозе почившего святителя Софрония.
Само торжество прославления, сроки которого деяниями Собора было предложено определить Иркутскому архиерею самому, сообразуясь с мнением патриарха и местными условиями, ориентировочно планировалось на 30 июня.
Вместе с тем, в адрес патриарха и Синода поступила записка от причта Иркутского кафедрального собора с просьбой отложить торжество погребения святителя, по крайней мере, до 8 октября.