2 марта 1699 года Лефорт Ф. скончался и был похоронен в Москве. Петр I примчался из Воронежа, чтобы проводить в последний путь умершего друга и наставника. Он сам вел первую роту Преображенского полка за гробом Лефорта. Надпись на его могиле, сделанная на латыни в переводе означала: «Все то, чему он наставил россиян собственным примером в честности, обходительности и мужестве, не помрачится никогда и не будет в забвении, но останется в сердцах человеческих в вечности времен; и такое имя, честь и слава мужества навсегда пребудет!»