Вместе с падением Матвеева многое изменилось и в житье-бытье Натальи Кирилловны и Петра. Они жили в Преображенском, в некотором отдалении от двора. Нет сомнения, что мать царевича страдала от такого пренебрежения к ней; для её сына же большая свобода и отсутствие строгого придворного этикета в Преображенском могли считаться немалой выгодой. Обыкновенно царевичи на Руси до пятнадцатилетнего возраста содержались как бы узниками в Кремле. Пётр вырастал на свежем воздухе в окрестностях столицы.
…Царевич Феодор, был самого слабого здравия, но лучших естества человеческого качеств. Вознеслися Милославские, ибо свойственник их царствует, хотя царь Феодор Алексеевич и более тщился быти свойственником народа российского, нежели одних господ Милославских; но как-то ни было, однако Нарышкины совсем обессилели, а царица Наталия Кирилловна, хотя и в крайнем была почтении, но комнаты её были пусты: тамо, где нет фортуны, политики не кланяются, а низкостепенные люди, взирая на высокостепенных, делают то же – некоторые ради страха, некоторые ища милости к противной стороне, отколе изливается их польза, некоторые от извычки ласкать и боготворить фортуну, хотя бы от неё никакой пользы не ожидали, а некоторые удалялися от комнат царицы Наталии Кирилловны, ради чего, и сами того не ведая, разве только на сём оснуяся: так де ныне водится. Слово «мода» было тогда в России ещё неизвестно, но действие оного слова искони у нас было: всё входило и выходило из моды; входили и выходили из моды и поклоны, тем же подобием как и ныне. А когда в комнатах царицы Наталии Кирилловны прихожих было не много, так и Нарышкины без друзей осталися, ибо друзья обыкновенно не к особам людским, но к фортуне их прилепляются: отлепится фортуна, отлепятся и друзья.
Милославские во время царствования Феодора утесняли Нарышкиных, из них ни один не был произведён в большие чины. Даже дед царевича, Кирил Полуехтович, определённый Алексеем Михайловичем главным судиею в Приказе большого дворца, был отставлен.
Не была бы царица толико оставлена, ежели бы её благоденствие от единого царя зависело, но она от сестры его, царевны Софии Алексеевны, во время владения родителя её была ненавидима, а во время владения брата её утесняема.