Рассказывали, что царевича пытали ещё до перевода его в крепость. Нет ни малейшего сомнения, что его пытали 18 и 24 июня, что ему было дано при этом случае 40 ударов. В этом может заключаться достаточная причина его смерти.
Отец пришёл навестить своего умирающего сына, и говорят, что он пролил слезы… Но, несмотря на эти слезы, друзья его сына были колесованы. Он приказал отрубить голову своему собственному шурину графу Лопухину, брату своей жены Оттокезы(?) Лопухиной, с которой он развёлся, и дяде царевича. Духовник царевича также поплатился головой.
Официальное сообщение о кончине Царевича сочинил Пётр Великий самолично. Вот как выглядит смерть Царевича, изображённая царём в рескриптах к заграничным дворам: «…сначала с ним сделался апоплексический удар, хотя он и пришёл опять в полную память, исповедался, причастился, и призвал к себе нас; мы к нему пришли со всеми нашими министрами и сенаторами, он перед всеми чистосердечно покаялся во всех своих преступлениях и просил у нас со слезами прощения, которое мы ему и дали, как подобает христианину и отцу; после сего 26 июня, в 6 часов пополудни жизнь свою христиански окончил».
При страшной опасности, грозившей в то время всякому беседовавшему о подробностях кончины Алексея, нельзя удивляться тому, что те лица, которые могли знать и узнали достоверно об этом факте, молчали, и что их молчание лишает нас пока возможности проникнуть в тайну кончины царевича .
В 27 день, (в следующий день после смерти царевича Алексей Петровича, –
День был при солнечном сиянии, с тихою погодою.
Есть предание: в день смерти царевича торжествующий Меншиков увёз Петра в Ораниенбаум и там возобновил оргии страшного 1698 года.
С. Петербург, 16 июня. Отрешённый от престола (gedegradeerde), Царевич Алексей Петрович, скончался 6 числа сего месяца. 8 числа приказал Царь перенести тело усопшаго Царевича в церковь Св. Троицы, где оно было выставлено до 10 числа, чтобы все могли его видеть. За тем последовало погребение в Православной церкви со всеми обрядами, установленными для предания земле особ Царственных фамилий. При сём находились Архиереи и прочее духовенство. Тело предано земле в семейном склепе Царской Фамилии, в новой соборной церкви. Царь и Царица со всем Царским Домом также присутствовали при погребении.