Потом попросил позвать к себе в комнату Преосвященного Варлаама и велел мне подать печати, именной нож перочинный. Я подала, и он стал при Преосв. Варлааме срезать каучук с печатей. Одну печать все-таки по просьбе владыки Варлаама оставил и сказал, что на его пастырскую совесть, чтобы он ею не злоупотреблял. Видно было, что Владыка совершенно приготовился к своей смерти и так бесповоротно всё решал и уничтожал».
«Вторник, 9 октября. Праздник Иоанна Богослова.
Были оба доктора. Иван Осипович говорил, что сегодня праздник, «за Вас молятся», а Владыка отвечал: «Спаси их Господи». «Все надеются на Ваше выздоровление». Владыка только вздохнул и сказал: «Как Бог». Иногда на такой вопрос он отвечал: «Дал бы Бог, а там Воля Божия».
Вспрыскивание камфары продолжали, морфий был отменен. <…> Владыка сказал обоим докторам: «Какой большой труд Вы взяли на себя, очень благодарю Вас». Это было так трогательно сказано, что нельзя было не плакать».
«Воскресенье, 14 октября. Праздник Покрова Пресвятой Богородицы.
С самого утра Владыка был в полном сознании. <…> Пришел от обедни о. Григорий, поздравил с праздником, дал просвиру. <…> Владыка спросил о. Григория: «Как дела на Толге?» Потом сказал: «У меня на этих днях будет юбилей, нужно приготовиться». о. Григорий спросил: «Какой юбилей, у Пятницы Калачной?» (думаю, что речь идет о 50-летнем юбилее священника Пятницкого храма, что в Калачном). «Да нет! — говорит Владыка. — Будет мой юбилей, будет много священников и посторонних».
Сказал еще раз, чтобы я всё прибрала, чтобы не растащили во время похорон и чтобы всё досталось мне, чтобы заперли письменный стол».
Нельзя не отметить, что владыка Агафангел, готовясь к смерти, отдает не только духовные и хозяйственные распоряжения, но принимает все меры предосторожности: срезает каучук с печатей, чтобы не было злоупотребления его именем, просит запереть письменный стол… Управление епархией Владыка передает архиепископу Варлааму, но уже провидит его крестный путь и благословляет Преосвященного Варлаама на этот путь. Владыка Варлаам и архимандрит Григорий, по церковному уставу, отирают тело почившего священным елеем, облачают в его собственное, приготовленное на погребение, белое облачение и покрывают архиерейскою мантией. Владыка Варлаам служит у гроба первую панихиду и тотчас после нее начинает чтение Святого Евангелия с первой главы Иоанна Богослова, но слезы прерывают его чтение… плачут и все присутствующие.
Каясь перед умершим владыкой, ярославское духовенство устами одного из своих пастырей — протоиерея Николая Дороватовского (позднее он тоже был репрессирован) — признается в том, что «много греховных пятен смущают нашу совесть», но особенно два из них:
— Это было во время объявления так называемых свобод. Когда авторитеты стали пререкаемы, стало пререкаемо между нами и имя почившего архипастыря. В его лице мы хотели поколебать тот столп, на котором покоилась ярославская церковь. Но волны «свобод» всколыхнули только нашу собственную грязь. Брызги ее нас же и запачкали, а он — пререкаемый — остался чистым. <…>