В низовьях реки Киши, по Ачипсе, Умпырю и в других местах в поясе широколиственных лесов много одичавших фруктовых деревьев, образующих рощи. Здесь чаще встречается груша, реже — яблоня, алыча (желтая кавказская слива), по опушкам — черешня, изредка кизил, барбарис, мушмула. В период созревания фруктов в этих лесах особенно много кабанов, оленей, косуль и медведей.
Выше, от 900 до 1900 метров, произрастают пихтовые леса, занимающие около 2/3 лесной площади заповедника. В подавляющем большинстве это многовековые девственные леса, где с гигантских пихт свисают седые пряди лишайников; в подлеске — зимнезеленая ежевика, малина, кавказская черника, папоротник-орляк, местами густые заросли понтийского рододендрона.
Низменные берега рек в поясе пихтарников, как и поляны, поросли непроходимыми зарослями малины и смородины, огромными лопухами белокопытника, местами мощным высокотравьем, где такие зонтичные, как борщевик, достигают 4 метров высоты, скрывая всадника. Прогалины и поляны с высокотравьем все чаще и чаще начинают встречаться у верхних пределов пихтарников. Здесь, на высоте 1700–1800 метров, пихта начинает уступать место высокогорному клену и рябине.
Наконец, на высоте 1900–2000 метров образуются парковые высокогорные кленовники, окруженные пышным высокотравьем. Высокогорный клен с ровным серым стволом, крупнопальчатыми листьями и ярко-красными крылатками плодов растет здесь «гнездами», в которых группы стволов связаны единой корневой системой.
Еще выше кленовники чередуются, а затем сменяются березовым и буковым криволесьем. Стволы березы, рябины, бука и клена под давлением многометровой толщи снега и зимних ветров приобрели саблевидную форму, наклонились вниз по склону и не поднимаются выше 5—10 метров от земли. На каменистых участках и скалах, чаще южных склонов, растет сосна.
Обширные поляны, опушки, долины рек и ложбины у верхней границы леса покрыты все тем же высокотравьем. Здесь бросается в глаза обилие гигантских, толщиной в руку зонтичных — борщевика, бутеня, лигустикума; повсюду стройные акониты с синими и белыми цветами, живокость с кистями синих цветов, огромные колокольчики с голубовато-белыми цветами, белые валерьяны, высокие желтые васильки, чудесные лилии и много другого разнотравья нередко высотой до 2–3 метров и более.
Еще под пологом березового криволесья начинаются заросли вечнозеленого кавказского рододендрона, который, поднимаясь выше леса, на крутых щебнистых склонах образует непролазные заросли — любимое убежище кавказского тетерева. Белые, чуть розоватые цветы кавказского рододендрона в первую половину лета придают ландшафту кавказского высокогорья особую прелесть.
Широкие и ровные склоны субальпийского пояса на высоте 2300–2400 метров покрыты лугами. Здесь нет такого высоко-травья, цветы и злаки обычно не достигают 1 метра, но луга эти в период цветения, в середине июля, необычайно красочны и пестры: орхидеи, розовые раковые шейки, белые анемоны, липовые буквицы, светло-фиолетовые водосборы, синие васильки, розовые астры, разнообразные лютики, клевера, тмин, полевые мытники, вороника, персидская ромашка и многое другое. Изобилуют эти луга и злаками: душистым колоском, овсяницами, тимофеевкой, тростниковым вейником.
Низкотравные альпийские луга, расположенные еще выше, напоминают персидский ковер своей удивительно яркой и пестрой окраской цветов: синие горечавки-генцианы, малиновокрасные мытники, темно-синий гадючий лук, розовые, палевые и белые анемоны, бело-розовые клевера, лиловые, желтые и розовые примулы. Цветки здесь часто в два раза больше стебля, например фиолетовые колокольчики с громадными цветками и короткими стеблями, пурпуровые одуванчики и многие другие. У бледно-розового безвременника из земли поднимается один большой венчик цветка, а весь стебель скрыт под поверхностью земли. Суровые условия обитания заставляют растения в поисках тепла прижиматься к земле.
На больших высотах, сильно обдуваемых жгучими ветрами, уже нет сплошного травяного покрова. Отдельные «подушки» растений чередуются с голым торфянистым слоем почвы, часто покрытой лишайниками. Лишайники, плотные подушки камнеломок, дриады и некоторые колокольчики поселяются на скалах. Особенно интересна флора на известковых скалах, где найдены эндемичные желтые горечавки, черкесское лыко, особые виды колокольчиков и гравилата.
Изучение исключительно разнообразной растительности Кавказского заповедника с его водоохранными и почвозащитными лесами, орехоносами, кормовыми, лекарственными, витаминоносными и другими видами растений имеет очень большое практическое и теоретическое значение.