Содержание и разведение бобров на ферме позволили быстро изучить неясные стороны их биологии, болезни и меры профилактики.
Большая заслуга сотрудников заповедника в организации первой бобровой фермы была отмечена дипломом 1-й степени Всесоюзной сельскохозяйственной выставки.
Бобры в природе оказывают большое влияние на весь природный комплекс. Так, пруды, создаваемые ими, привлекают уток; ветки сваленных бобрами осин служат кормом для оленей и зайцев; продушины, проделываемые во льду, предотвращают зимние заморы рыбы. Бобры создают благоприятные условия для выхухоля — еще одного интересного обитателя Воронежского заповедника.
Выхухоль — очень древний, но специализированный к водному образу жизни зверек, дальний родич кротов и землероек. Однако выхухоль много крупнее их, весит около 400 граммов, а длина его тела — около 20 сантиметров. Облик зверька весьма своеобразный: у выхухоля очень длинный, подвижной, слегка лопатообразный хоботок с ноздрями на конце; почти равный длине тела хвост сильно сплюснут с боков и голая кожа, покрывающая его, имеет рельефный, чешуеобразный рисунок. Спина выхухоля покрыта темным серо-каштановым мехом, а брюшко беловато-серое с серебристым оттенком. Мех чрезвычайно густой и издавна высоко ценился. Однако выхухоль всегда добывали в небольших количествах, чаще 15–20, редко 50–60 тысяч в год. В 1920 году добыча этого редкого зверя была запрещена, так как запасы его оказались сильно подорванными. Затем разрешили добычу в 1933 году на один год и вновь промышляли с 40-х до середины 50-х годов.
Выхухоль распространен в правобережной части бассейна Волги (кроме ее верховья), левобережье Дона и на небольших отрезках бассейнов рек Урала и Северского Донца. В прошлом выхухоль был распространен шире, на запад до Днепра, а на востоке заселял большую часть бассейнов Урала и Камы (сейчас его завезли на Каму и Днепр и создали искусственные поселения). Однако в историческое время его ареал не выходил за эти пределы, так что Россия всегда была монополистом этого вида. Второй вид этого семейства — пиренейский выхухоль — маленький зверек, поэтому промыслового значения не имеет.
Выхухоль — типичный обитатель речных пойм, предпочитающий селиться в озерах-старицах, которые он покидает лишь на период затопления их вешними водами. В берегах он роет норы, всегда с выходами под воду. Гнездовые норы сложные, нередко имеют два-три лаза, несколько параллельно идущих ходов, сообщающихся один с другим, и гнездовую камеру, выстланную корешками осок или других растений. Круглая гнездовая камера диаметром около 20 сантиметров всегда располагается недалеко от поверхности земли, так что она позже других частей норы заливается вешними водами и первой освобождается от воды. Во время разливов выхухоль роет короткие временные норы. Просто устроены и запасные норы, которых бывает несколько в районе, где живет семья выхухолей. К норам по мелководью из глубины водоема всегда ведет миниатюрный канал на дне, постепенно углубляющийся и переходящий в лаз.
Кормится выхухоль пиявками, личинками хирономид (мотылем), личинками ручейников, дождевыми червями, моллюсками, а также корневищами кувшинок и других водных растений. В небольшом количестве и главным образом зимой ест мелкую рыбу.
Размножаться выхухоль может круглый год, но обычно приносит двух-трех детенышей в начале лета. Первые дни самка неразлучна со своими слепыми и голыми детенышами, которых часто кормит и обогревает. Позже, когда она уходит из норы кормиться, детенышей согревает самец.
Хотя потенциальных врагов у выхухоля много: лисица, норка, хорек, коршун, щука и другие хищники, они не наносят ему большого урона. Чаще всего выхухоль страдает от хищников в период паводков. Видимо, более опасный враг выхухоля — ондатра, которая изгоняет его из гнездовых нор. Губительно для выхухоля пересыхание пойменных озер и промерзание водоемов до дна. Много зверьков гибнет в ставных сетях, вентерях и вершах; гибельно для них и отравление рек сточными водами.
Из других зверей заповедника следует упомянуть об олене. К моменту организации заповедника здесь было несколько оленей, сбежавших из зверинца Рамонь, куда они были завезены из Германии в 70 —80-х годах прошлого века. Олени нашли в заповеднике благоприятные условия и быстро размножились. Так что в 1940 году их стало 180, а в 1952 году — около 800 и в 1973 году — более 1700 голов. Уже через 10 лет после организации заповедника олени расселились в окружающих лесах, но процесс этот шел медленно.