В то время как на островах птицы уже приступили к гнездованию, над островами, окружающими их заливами и степью днем и ночью идет пролет. В апреле продолжают лететь чирки-трескунки, многочисленны рыжие цапли, наполняя ночное небо характерными криками летят кваквы и волчки. Ни в одном месяце года этот район не посещает такое большое количество видов птиц, как в апреле. Огромными стаями по нескольку дней подряд летят через Лебяжьи острова чернозобики и турухтаны, или над побережьем нескончаемой вереницей тянутся с рассвета до заката стайки малых и черноголовых чаек. Массовыми бывают пролеты степных луней, обыкновенной пустельги и кобчика, а также журавлей, кукушек и стрижей. Но наиболее грандиозно выглядит весенний пролет деревенских ласточек, к которым в это время года присоединяются городские ласточки и береговушки. На протяжении нескольких недель группы и одиночки стремительно пересекают береговую линию и скрываются над водами залива все в одном и том же направлении. Бывают дни, когда птицы летят все светлое время суток одной бесконечной лентой, а в пасмурные, беззвездные ночи можно до рассвета слушать ни на минуту не умолкающую перекличку пролетных белобровиков, певчих дроздов, деряб или лесных коньков. Позднее, в мае, их сменят северные кулики: краснозобик, кулик-воробей, песчанка, белохвостый песочник.
В мае на островах переполох и немолчный крик. Гнезда, гнезда и гнезда кругом. Невольно постоянно смотришь под ноги, чтобы не наступить на кладку или беспомощных пуховичков. Сквозь мягкое гоготанье и мрачный хохот пикирующих чаек слышится пронзительный крик у гнезда кулика-сороки. Из высокой полыни поодиночке взлетают серые цапли и дружно, как по команде, десятки малых белых цапель. Огромные гнезда серых цапель лежат здесь прямо на земле, среди кустов полыни, и в них уже подросли птенцы; рядом легкие «тарелочки» и конусы гнезд малых белых цапель с белесовато-голубыми яйцами. В густых и жестких зарослях полыни гнездятся также десятки пар крякв, длинноносых крохалей и пеганок, нерегулярно гнездится и серая утка. До 1968 года здесь выводили птенцов до 15 пар болотных луней, но с 1969 года этот вид встречается только на пролете и зимовке.
Регулярно гнездятся на островах 250–450 пар чегравы. Другие крачки — речная, малая, пестроносая, чайконосая — не каждый год и в небольшом числе. Много гнездится здесь морских зуйков, и их милые, большеногие и пестрые пуховые птенцы то и дело разбегаются в разные стороны и, затаиваясь, припадают к самой земле.
Обширные мелководья Каркинитского залива, богатые растительными и животными кормами и малодоступные для человека и наземных хищников, издавна служат местом скопления на линьку кряквы, лысухи и лебедя-шипуна. В разные годы здесь линяет от 1,5 до 3,5 тысячи селезней крякв. После выпадения маховых перьев, когда они теряют способность летать, птицы забиваются в тростники и там проводят все светлое время суток, выходя из своего убежища только ночью. Примерно в это же время, в конце июня — начале июля, начинают линьку и лебеди-шипуны.
Прекрасное зрелище представляют мелководья в теплую, штилевую погоду, когда в одном из заливов собирается сразу 2–5 тысяч огромных белоснежных птиц. Издали кажется, будто бы над водой залива висит белое марево.
Как показали исследования сотрудников заповедника, проведенные в 1959–1971 годах, в северо-восточной части Каркинитского залива линяют только лебеди-шипуны; кликуны прилетают сюда лишь на зимовку. Линяют здесь молодые — 1—3-годов алые — лебеди, которые еще не образуют пар. Держатся они не на островах, а на открытой глади малодоступных мелководий или вдали от берегов на глубоких местах. При приближении лодки птицы стараются уйти вплавь; застигнутые, они ныряют, но удается это только тем лебедям, у которых недавно выпали маховые перья крыльев, те же, у кого перья отросли больше чем на Уз, беспомощно прячут в воду переднюю часть туловища, оставляя хвост и ноги на поверхности.
В жаркие июльские дни, когда над островами нависают тучи комаров, молодые серебристые чайки и серые цапли начинают покидать свои родные места, перекочевывая сначала на мелководья, а потом разлетаются по всему Причерноморью и Приазовью, встречаясь в первую осень даже много севернее Крыма. В августе лишь в колонии чегравы могут быть незаконченные дела, да по опустевшей колонии цапель разгуливают запоздавшие птенцы малой белой цапли или каравайки. Напротив, на окружающих острова мелководьях птиц прибывает. Кроме оставшихся после линьки крякв и линяющих шипунов сюда собираются на линьку десятки тысяч лысух. Уже в середине, а иногда и в начале июля здесь начинает лететь большинство куликов, среди которых особенно много чернозобиков, турухтанов, травников, поручейников, а в некоторые годы бывают обычны большие кроншнепы и веретенники. В конце месяца у островов появляются бекасы. В это же время начинают прибывать на осеннюю жировку утки.