Капитан 2 ранга Джей полагал, что такое большое количество судов просто не в состоянии удержаться в пределах протраленного фарватера, когда береговые огни выключены, а погода настолько плохая. Радиомаяков было недостаточно для точной навигации. Поэтому Джей отправил радиограмму начальнику британской морской миссии в Архангельске капитану 1 ранга Маунду. Он излагал свои предложения по обеспечению безопасности перехода конвоя по Двине. Один тральщик следовало поставить в устье, чтобы указать точку входа. В случае плохой погоды конвой мог отстояться на якорях возле входного буя. Джей также предложил использовать 5 маленьких моторных тральщиков MMS для помощи лоцманским катерам, которые развозили лоцманов по торговым судам. Эсминец «Акейтес» планировалось отделить, чтобы контролировать все это. 4 больших тральщика должны были стоять на якорях с интервалом 3 мили, чтобы указывать протраленный фарватер и держать визуальную связь. Увы, все его планы и благие намерения разлетелись в прах под ударами шторма, начавшегося во второй половине дня 19 сентября.
К этому времени конвой достиг входа в Северную Двину и попытался бросить якоря, хотя ветер с северо-запада уже превратился в сильный шторм. Русские лоцманские катера благоразумно спрятались. У конвоя просто не было иного выбора, как попытаться переждать шторм в море, поэтому 36 часов длинные колонны транспортов и маленькие эскортные корабли качались и подпрыгивали на волнах. Многие довольно быстро оказались в опасном положении.
В 16.50 тральщик «Харриер» был вынужден поднять якорь и уйти в море. 20 сентября в 2.30 на нем отказало рулевое управление, и крошечный корабль был вынужден лечь в дрейф, управляясь вручную. В кормовую балластную цистерну уже приняли 32 тонны воды, чтобы уменьшить рысканье, а теперь пришлось заполнить форпик и отсеки двойного дна. Было принято еще 22 тонны воды, чтобы облегчить управление, пока не закончится срочный ремонт. В 12.50 рулевое управление было исправлено, и тральщик вернулся к конвою.
Маленький траулер «Кап Аргона» оказался в еще более тяжелом положении, так как был вынужден начать расходовать свой угольный балласт. Лейтенант Пейт тоже был вынужден направиться в море, чтобы попытаться сохранить топливо. К счастью, все закончилось благополучно, и 21 сентября в 17.00 он бросил якорь на стоянке № 19, когда на борту осталось всего 5 тонн угля. При этом, когда корабль покидал Исландию, у него в трюмах было 210 тонн угля при норме 170 тонн.
«Сент-Кенан» оказался в подобном положении. 19 сентября на нем осталось всего 6 тонн угля, и волна начала опасно класть его на борт. 20 сентября ему пришлось особенно тяжело. Волны снесли спасательную шлюпку, скорежив при этом шлюпбалки.
«Эксфорд» потерял оба якоря и спасательную шлюпку № 3 вместе со шлюпбалками. Он вызвал лоцмана, который, несмотря на опасность, прибыл на борт транспорта. При этом лоцманский катер снес «Эксфорду» стойки спасательных плотов правого борта. Сразу после этого транспорт двинулся вниз по протраленному фарватеру в сторону бушующего моря. Через час он встретил 3 американских транспорта, плотно сидящие на мели под берегом. В этот момент ветер оказался сильнее и развернул «Эксфорд» поперек фарватера прямо на эти корабли. Столкновение казалось неизбежным. Однако «Эксфорд» сумел обойти американцев, но при этом он сам вылетел на берег. После титанических усилий он снялся и двинулся дальше вниз по реке. Но в 22.00 «Эксфорд» снова сел на мель, где и проторчал до утра.
«Кэмпфайр» вскоре после полуночи потерял один якорь, после чего поднял второй и дал ход. Он дрейфовал до 17.30, когда на него прибыл лоцман. В 19.00 «Сахале» радировал, что сел на мель, а вскоре после этого на берег вылетел и «Кэмпфайр». В 20.30 он снялся и пошел вниз по фарватеру, но тут ему наперерез вылетел другой транспорт. «Кэмпфайр» снова сел на мель, и у него отказали машины, так как конденсаторы забило грязью.
Траулер «Данеман», маленькое спасательное судно, которое до сих пор действовало исключительно отважно и удачно, стало еще одной жертвой шторма. Ночью 19/20 сентября траулер сообщил, что израсходовал все топливо, а якоря ползут. Капитан 2 ранга Рассел отправил ему на помощь корветы. «Бергамот» (лейтенант Р. Т. Хоран) в 0.25 обнаружил «Данеман», но тот сообщил, что пока контролирует ситуацию. Однако через час якоря снова поползли по грунту, и начало казаться, что столкновение с одним из транспортов неизбежно. Транспорту приказали поднять якорь и передвинуться. «Бергамот» приготовился взять «Данеман» на буксир, несмотря на ужасающие погодные условия.
С 1.04 до 6.54 продолжались попытки завести буксирные концы на траулер с помощью линеметов или буев, пускаемых по течению, но все они закончились неудачей. На помощь прибыл корвет «Блюбелл». Он бросил якорь перед траулером и сумел передать на него буксирный трос. «Бергамот» оставался рядом до 19.52, пока не помял себе обтекатель асдика.