ДЕПОРТАЦИЯ отдельных категорий граждан из Литвы в 1940 — 1941 гг. — В мае и июне 1941 г. ЦК ВКП(б) и СНК СССР приняли постановления об "очистке" республик Советской Прибалтики, Западной Украины, Западной Белоруссии и Молдавии от "антисоветского, уголовного и социальноопасного элемента". Аресту и выселению подлежали активные члены контрреволюционных партий и участники антисоветских националистических, белогвардейских организаций; крупные чиновники буржуазного государственного аппарата; сотрудники карательных органов; бывшие офицеры польской, литовской, латвийской, эстонской и белой армий, на которых имелись компрометирующие материалы; крупные помещики, фабриканты, торговцы и члены их семей; лица, прибывшие из Германии по репатриации; немцы, подозревавшиеся в связях с иностранными разведками; уголовный элемент, продолжавший заниматься преступной деятельностью. Перечисленные категории лиц на основании постановлений местных органов НКВД арестовывались и направлялись в лагеря на срок от 5 до 8 лет с последующей ссылкой на 20 лет, а члены семей выселялись в отдаленные местности Советского Союза на 20 лет. Имущество конфисковывалось. Всего из западных областей СССР в предвоенный и послевоенный периоды было выселено 618 084 человек, из них 49 107 арестовано. В том числе из Литвы -108 034 человек, 11 308 арестовано (1941 г. -15 851,1948 г. — 39 766, 1949 г. — 29 180, 1950-52 гг. — 22 804). Действия органов НКВД по депортации из Литвы являлись чрезвычайной мерой и обусловливались сложившейся внешней и внутриполитической обстановкой, деятельностью агентуры вражеских разведок и значительным количеством лиц, выступавших против Советской власти, вплоть до совершения террористических актов в отношении партийного и советского актива, а в послевоенный период и вооруженными выступлениями националистических бандформирований (в 1941–1950 гг. в республиках Прибалтики бандформированиями совершено 3426 вооруженных нападений; убито советских активистов — 5155 человек; органами государственной безопасности ликвидировано 878 вооруженных банд).
Вместе с тем в процессе осуществления мер по выселению из Литвы имели место факты грубых нарушений советской законности: необоснованные аресты ряда граждан, огульный подход в оценке их социальной опасности, репрессии против членов их семей (включая женщин, стариков и детей), присвоение чужого имущества и т. д.
В 1988 г. ЦК КП Литвы, Латвии и Эстонии направили в Политбюро ЦК КПСС предложение о единовременной реабилитации всех граждан этих республик, которые подверглись в 1941–1950 гг. депортации и другим видам репрессий. В свою очередь Политбюро обратилось в КГБ СССР за консультацией по данному вопросу. 23.09.1988, в результате проведенного "тщательного анализа архивных материалов", возглавлявший тогда КГБ В.М.Чебриков направил в Политбюро ЦК КПСС секретную записку (№ 16441-4), в которой, в частности, делалось следующее заключение: "Что касается предложения ЦК компартий Латвии, Литвы и Эстонии о признании неправомерными решений союзных инстанций о выселениях в 40-50-х годах, то одновременная реабилитация всех категорий высланных была бы неоправданной, поскольку значительное число лиц, подвергшихся выселению, активно боролось против Советской власти". Об ознакомлении с запиской на ее первой странице расписались члены Политбюро и Комиссии Политбюро по дополнительному изучению материалов, связанных с репрессиями, имевшими место в период 1930-1940-х и начала 1950-х годов ("вкруговую"): М. Горбачев, А. Яковлев, Л. Зайков, Н. Слюньков, В. Медведев, В. Никонов, Н. Рыжков, Е. Лигачев, Б. Пуго, Г. Смирнов, А. Лукьянов, Г. Разумовский, Э. Шеварднадзе и В. Крючков САрхив Президента РФ. Ф. 3. Оп. 108. Д. 526. Л. 4–8).
РЕПАТРИАЦИЯ немцев из Литвы и литовцев из Германии в 1940–1941 гг. проводилась на основе протокола, являвшегося секретным приложением к советско-германскому договору (пакту Молотова-Риббентропа) от 23.08.1939, и дополнительных соглашений 1940 г. Как правило, репатриированные из Германии литовцы сразу по прибытии в СССР арестовывались органами НКВД и направлялись в тюрьмы и лагеря как "немецкие шпионы и диверсанты". Соответственно, абсолютное большинство литовских немцев, отправлявшихся в Германию, являлись агентами НКВД и Коминтерна; многие из них по прибытии в рейх были также арестованы гестапо. Следует отметить, что в рамках мер по репатриации в конце 1939 — начале 1940 гг. в Германию были отправлены десятки ранее арестованных НКВД немцев-коминтерновцев, членов КПГ и ВКП(б) (часть из них была расстреляна в СССР), несмотря на то что эти люди были хорошо известны нацистским спецслужбам. Фактически это был "дружеский жест" Сталина в адрес Гитлера. Как известно, в 1943 г. Сталин вообще распустил Коминтерн.