Следует иметь в виду, что в 1946 г. Наркомат ВМФ был упразднен, и Кузнецов стал заместителем министра Вооруженных сил СССР — Главнокомандующим ВМС. «Когда закончилась война, — вспоминал Николай Герасимович, — и встал вопрос о новом плане судостроения, разгорелись споры с представителями Наркомата судостроения, а после моего ухода (с поста наркома ВМФ) они провели у Сталина все свои положения во вред делу. Так, они согласились на постройку тяжелых крейсеров, которые явно после войны были не нужны современному флоту. Так, ввиду трудности постройки были «зарезаны» авианосцы, на которых я настаивал, так, мы долго задержались на старых подлодках. Много, много подобных вопросов было решено после войны явно неправильно и во вред делу только потому, что Сталин, не понимая их, уже никого не слушал и не терпел возражений. Судостроители же (Малышев и Носенко) исходили из интересов своего ведомства, а моряки не были в состоянии доказать свою правоту. В это время особенно отрицательно сказалась неустойчивая позиция Жданова и Булганина, которые не хотели возражать Сталину».
«Со временем я стал уверен в себе, — вспоминал Николай Герасимович, — упорнее отстаивал интересы флота и осмеливался возражать даже самому Сталину, когда считал это нужным для дела. На этом, собственно, я и «свернул себе шею»… В один из дней весной 1946 года у меня состоялся разговор со Сталиным по телефону. Он предложил разделить Балтийский флот на два. Сначала я, как всегда, попросил время подумать, а потом, дня через два, ответил ему, что считаю это неправильным. Театр небольшой и с оперативной точки зрения неделимый. Сталин, как выяснилось позднее, остался моей позицией недоволен, но тогда, ничего не сказав, повесил трубку… Вызванные на следующий день в кабинет к Сталину, мы докладывали ему свое мнение… Я остался на своих позицию, будучи глубоко убежденным в своей правоте. И. С. Исаков молчал, А. И. Микоян, сославшись на него, сказал, что Исаков за предложение Сталина. Сталин начал ругать меня, а я не выдержал и ответил, что, если я не подхожу, прошу меня убрать. Сказанное обошлось мне дорого. Сталин ответил: «Когда нужно, уберем», — и это явилось сигналом для подготовки последовавшей позднее расправы со мной. Правда, снят я был почти год спустя, но предрешен этот вопрос был именно на том злополучном совещании… Оглядываясь назад, я прихожу к выводу, что поступил так, как надлежит поступать честному человеку».