Однако же и эта, запоздалая, по мысли Святителя, мера наказания не была осуществлена. Под нажимом ряда влиятельных лиц и «голоса общественности» Александр II вынужден был отменить решение о высылке Щапова. «В конце февраля получил уведомление, что г. Щапов прощен Государем Императором и в Бабаевский монастырь не прибудет», — пишет епископ Игнатий брату 10 марта 1862 г.1269
В свою очередь Герцен рассказывал читателям «Колокола» о речи Щапова, его аресте и последовавших мерах (заметки «12 апреля 1861»1270
, «Профессор Щапов»1271 и др.). Осенью 1861 г. Герцен прислал Щапову приветственное письмо, положившее начало их переписке1272. Щапов устанавливает связи с издателями «Колокола», с первыми организациями «Земли и воли». В 1864 г. он был сослан в Сибирь, где разрабатывает новую «социально-антропологическую» теорию исторического процесса, сложившуюся под влиянием идей Бокля и Писарева. В 1876 г. он скончался от чахотки и алкоголизма.Ход крестьянской реформы, либеральный дух 1860-х гг. волновали владыку Игнатия и после его удаления на покой. «Великое дело освобождения крестьян сопряжено с значительными трудностями, для преодоления которых, во-первых, нужна особенная помощь Божия, а потом — самая мудрая, недремлющая человеческая деятельность», — замечал он в письме 22 января 1862 г.1273
, а спустя четыре года после объявления Манифеста, в письме от 6 января 1865 г., высказывает крайнюю обеспокоенность духовным состоянием крестьянства: