Наибольшая часть зданий Зеленецкого монастыря принадлежит времени Преосвященного Корнилия, Митрополита Новгородского и Велико-Луцкого, то есть XVII столетию; весьма немногие каменные здания, а именно настоятельские келлии и гостиница устроены в нынешнем столетии. Зданий, построенных прежде Митрополита Корнилия, не имеется, хотя Зеленецкий монастырь и существует с XV века. Преосвященный Корнилий начал свою монашескую жизнь в Зеленецком монастыре. Вскоре, по пострижении в монашество, он сделан Настоятелем Большого Тихвинского монастыря. Любовь к уединению и к пустынному месту (каков и поныне Зеленецкий монастырь) внушила Преосвященному, оставив настоятельскую должность, возвратиться частным лицом в безмолвную Зеленецкую обитель. Но недолго он пользовался уединением; вскоре его произвели в Митрополита Казанского, а в 1674 году он переведен на Митрополию Новгородскую. Несколько времени до смерти удалось Архипастырю провести на покое в Зеленецком монастыре, где он и скончался. Находясь на Новгородской кафедре, Преосвященный Корнилий привел Зеленецкую обитель в цветущее состояние: доставил ей те угодья, которыми она ныне владеет, и многие другие, которые уже отошли от нее; равным образом выстроил соборный храм во имя Живоначальной Троицы, теплую церковь во имя Благовещения Пресвятый Богородицы, колокольню, настоятельские и братские келлии и ограду. Следовательно, эти здания принадлежат к концу XVII столетия. Все они выстроены очень прочно, и храмы, особливо соборный, не лишены архитектурного достоинства. Вероятно, обитель имела достаточное число и вещей и книг до времен Преосвященного Корнилия; вероятно, что Архипастырь снабдил любимый монастырь свой многими вещами и библиотекою; также вероятно, что из этого собрания осталось к настоящему времени весьма немногое. Но Зеленецкий монастырь подвергся общим бедствиям края: в начале XVII столетия раззорен был шведами; также не раз был истребляем пожарами. Кроме этого, он претерпел особенного рода бедствие уже по смерти своего возобновителя. — В 1765 году толпа раскольников в числе 23 человек захватила монастырь, выгнала оттуда монахов и заперлась в высоких стенах его. Этим последним бедствием было истреблено множество церковного и монастырского имущества, особливо книг и рукописей, и этим же бедствием, столь недавним, объясняется скудость предметов в Зеленецком монастыре для археологического описания.
Примечательнейшее здание монастыря, как выше было сказано, есть его соборный храм. В подвальном этаже его почивают под спудом мощи Преподобного Мартирия, основателя обители, а рядом с ним покоится строитель храма Преосвященный Корнилий. — Врата в верхний этаж храма в древнем вкусе — узорчатые, кверху полукруглые. Арка, в которой они помещаются, обложена кафелью, по ней сделана надпись, объясняющая время построения храма: «Лета 7192 (1684 года) благоволением в Троице славимаго Бога создася сии храм при державе Великих Государей Царей и Великих Князей Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича Московских всея России, и при Святейшем Иоакиме Патриархе. За благословением Преосвященнаго Корнилия, Митрополита Великаго Нова-Града и Великих Лук. Его тщанием и иждивением, на поклонение Христианом, и на собрание всему избранному стаду».
В иконостасе сего храма достойны внимания две древние местные иконы: Живоначальныя Троицы — на правой стороне, и на левой — Сошествие Святаго Духа на Апостолов.
Образ Святыя и Живоначальныя Троицы
мерою в 2 аршина вышины и 2 аршина ширины. На нем находится 26 отдельных клейм с следующими надписями:1. Над первым клеймом: «Сотвори Бог небо и землю… И рече Бог: да будет свет!» (Быт. 1. 1–3).
2. «Сотвори Бог твердь» (Быт. 1. 7). «И разлучи Бог между твердию, яже под небесем» (сих слов нет в книге Бытия).
3. «И рече Бог: да соберется вода, яже под твердию (в Библии: под небесем)… и явися суша (Быт. 1. 9)».
4. «И рече Бог: да будет свет, яже на тверди небесней… между днем и между нощию!»… (Быт. 1. 14. И рече Бог: да будут светила на тверди небесней, освещати землю, и разлучати между днем и между нощию)… В клейме изображен, между прочим, Архистратиг Михаил, поражающий отпадших духов, а внизу разверстые челюсти адского змия.
5. «И рече Бог: да изведутся гады и скоты и вся ползающия по земли, и вся яже под твердию небесной» (см. Быт. 1. 20. И рече Бог: да изведут воды гады душ живых, и птицы летающия по земли по тверди небесней).
6. «И рече Бог: Сотворим человека по образу Нашему и по подобию… и сотвори Бог мужа и жену» (см. Быт. 1. 26, 27. И сотвори Бог человека, по образу Божию сотвори его; мужа и жену сотвори их). У Господа Саваофа изображена и самая персть, из коей Он творит человеческое тело.
7. «И благослови Бог день седмый святити его… и почи от всех дел Своих» (см. Быт. 2. 3. И благослови Бог день седмый, и освяти его: яко в той ночи от всех дел своих, яже нача Бог творити).