Когда западная Русь узнала о деле своих епископов, она не пристала к нему и готова была оружием противиться введению унии. На Варшавском сейме русские вельможи потребовали свержения епископов за самовольную унию. В западнорусской церкви произошел, таким образом, открытый раскол, который думали потушить церковным собором в Бресте осенью 1596 г.; здесь этот раскол был только оформлен: православные лишили епископов-униатов их сана, униаты же наложили проклятие на духовенство, верное православию. Уния так и не состоялась.
Но папство имело право считать и считало унию состоявшейся, потому что имело в своих руках грамоту на унию от лица всей западнорусской иерархии. На эту точку зрения стало и польское правительство: оно рассматривало теперь православных как еретиков, ослушников своей иерархии, а также и польского правительства.
Полноправная литовско-русская религия обратилась в "презренную хлопскую схизму"
(ибо исповедовалась по преимуществу низшими классами) и подлежала преследованию, которое тотчас же и началось. Православные не имели священников, богослужение совершалось в полях, ибо в городах было запрещено, детей возили крестить за 100 верст, в иных местах церкви отдавались на откуп евреям, которые облагали богослужение в них и требы произвольными поборами. Униат епископ Полоцкий Иосафат Кунцевич выбрасывал из могил православных на съедение собакам. Но и при таких условиях православные держались и отстояли за собой Киево-Печерскую лавру и митрополичью кафедру в Киеве, духовную академию (трудами Петра Могилы); добиваясь некоторых постановлений, благоприятных для православия, на сеймах, заводили школы и благотворительные учреждения. Все это были легальные способы борьбы с польско-католическим гнетом. Но были и нелегальные - восстания, в которых главная роль принадлежала казачеству.
II. Казачество на окраинах Литовско-Польского государства формировалось довольно давно. С появлением Крымской Орды на степных границах литовско-польских стали появляться вольные общины казаков, как бы пограничная милиция для борьбы с татарами. Казаки не только отбивали татарские набеги на Литву и Польшу, но и сами нападали на Крым и Турцию. Они считались подданными Литвы и Польши, но не повиновались своему государству. Их борьба с татарами вообще была полезна для государства, но их разбои на Черном море вели к крупным неприятностям для Польши со стороны Турции и Крыма. И то и другое обстоятельство заставляли польское правительство в XVI в. серьезно думать о том, чтобы забрать казаков под надзор и контроль государства. Польские власти старались образовать из казаков свои правительственные отряды и с их помощью понемногу водворить порядок на степной окраине. В то же время они поощряли шляхетскую колонизацию Украины, благодаря которой свободное население Украины "казаки" - обращались в "хлопов" или крепостных крестьян, и на Украине водворялся обычный для Польши общественный порядок. Благодаря мероприятиям королей XVI в., у казаков, поверстанных на службу, развилось к концу XVI столетия известное самоуправление: они выбирали гетмана, войсковую старшину (судья, писарь, полковники и др.) и разделялись на полки (округи), но в полках было лишь определенное число (600) полноправных казаков, называемых реестровыми, т. е. занесенными в списки (реестры). Остальное население Поднепровья считалось как бы простыми крестьянами. В 1590 г. против него были приняты особые стеснительные меры с целью обуздать его своеволие; нереестровых казаков включили в хлопство и начали вместе с землями отдавать польской шляхте, селившейся в казачьей Украине. А между тем от этого самого хлопства, от усилившегося гнета Польши и панов крестьянство спасалось именно на Днепре, выходя из Польши и Литвы.