В самые последние дни царствования Федора Алексеевича был, например, составлен проект высшего училища, или так называемой Греко-Латинской академии (этот проект напечатан в VII томе Древней Российской Вивлиофики). Он возник таким образом: с Востока в Москву приехал монах Тимофей, сильно тронувший царя рассказом о бедствиях Греческой церкви и о печальном состоянии в ней науки, так необходимой для поддержания на Востоке православия. Это подало повод учредить в Москве духовное училище на 30 человек, начальником которого был сделан сам Тимофей, а учителями - два грека. Целью этого предприятия, было, таким образом, поддержание православия. Но этим небольшим училищем не довольствуются, - и вот появляется проект академии, характер которой выходит далеко за пределы простой школы. В ней должны были преподаваться грамматика, пиитика, риторика, диалектика и философия "разумительная", "естественная" и "правая". Учителя академии должны были все быть с Востока и, кроме того, с ручательством патриархов. Но этим еще не исчерпывалась задача академии, академия должна была следить за чистотой веры, быть орудием борьбы против иноверцев, из нее должны были выходить апологеты православия, ей присваивалось право суждения о православии всякого, и иноземца, и русского. "Московская академия, по проекту царя Федора, - говорит Соловьев, - это цитадель, которую хотела устроить для себя православная церковь при необходимом столкновении своем с иноверным западом; это не училище только, это страшный инквизиционный трибунал. Произнесут блюститель с учителями слова виновен в неправославии, - и костер запылает для преступника" (Ист. России, XIII, гл. 11). Нужно заметить, что академия была учреждена после смерти Федора, и первыми ее учителями были вызванные с Востока ученые братья Лихуды (Иоаникий и Сафроний).
Другим замечательным актом царствования Федора было уничтожение местничества. В конце 1681 г. в Москве были собраны две комиссии: одна состояла из выборных от служилого сословия и была призвана с целью обсуждения лучшего устройства военных сил или, как сказано в указе, "для устроения и управления ратного дела", а другая состояла из выборных от тяглых людей и занималась выработкой новой системы податей. Обе действовали под руководством князя В. В. Голицына. Этот съезд выборных давал полный состав Земского собора, но комиссии тем не менее не соединились в соборе ни разу и заседали в разное время. Тяглая комиссия кончилась ничем, хотя показала лишний раз неудовлетворительность податной системы Московского государства и дала собой лишний прецедент Петру Великому при замене поземельной подати подушным окладом. Служилая комиссия, напротив, имела важные последствия: кроме того, что ею были проектированы различные реформы в военном устройстве, выборные люди в своих работах пришли к мысли подать государю челобитье об уничтожении местничества. По этому поводу 12 января 1682 г.
государь созвал торжественное собрание духовенства, думы и выборных придворных чинов для обсуждения челобитья и уничтожения "мест". Может показаться странным с первого раза, почему в заседании участвовала не служилая комиссия, а только выборные высших чинов, но дело в том, что, во-первых, государь знал из самого челобитья мнение комиссии относительно этого вопроса, а, во-вторых, именно в высших слоях местничество и было крепко; высшие слои преимущественно практиковали его и были наиболее заинтересованы в вопросе об уничтожении этого обычая. На вопрос царя духовенству о местничестве патриарх отвечал: "Аз же и со всем освященным собором не имеем никоея достойныя похвалы принести великому вашему царскому намерению за премудрое ваше царское благоволение". Бояре же и придворное дворянство сами просили уничтожить "места" - "для того: в прошлые годы во многих ратных посольствах и всяких делах чинились от тех случаев великия пакости, нестроения, разрушения, неприятелям радование, а между нами (служилыми)
богопротивное дело - великия, продолжительныя вражды". Руководствуясь подобными ответами, царь указал сжечь разрядные книги, в которых записывались местнические дела, и отныне всем быть без мест. На это собрание единодушно отвечало: "Да погибнет в огне оное богоненавистное, враждотворное, братоненавистное и любовь отгоняющее местничество и впредь - во веки". Так передает "Соборное уложение"