Между тем на место действия прибывают: гетман Разумовский, Н. И. Панин, князь Волконский, И. И. Шувалов и многие другие вельможи, которые присоединяются к свите императрицы. Окруженная войском и народом, она отправляется в Казанский собор; здесь ее встречают архиепископ новгородский и высшее духовенство. Пропели благодарственный молебен и торжественно провозгласили Екатерину самодержавнейшей императрицей всея России, а великого князя Павла Петровича - наследником престола. Из собора государыня поехала в новый Зимний дворец, достроенный Петром III, где уже собирались для принесения присяги Сенат и Синод. Немедленно приняты и необходимые меры предосторожности: подступы ко дворцу защищены артиллерией, на многих пунктах расставлены сильные отряды часовых, сообщение с Петергофом и Ораниенбаумом совершенно прекращено, а в Кронштадт послан захватить эту крепость адмирал Талызин. Императрица поспешила разослать курьеров в провинцию к гражданским и военным начальникам, а также к генералам войск, находившихся в Пруссии; дипломатический корпус получил официальное уведомление о перемене царствующей особы. Необходимые меры были приняты настолько быстро, что нет никакого сомнения в том, что в Петербурге об этом заранее кто-то позаботился. До нас дошло, например, известие, что наборщики типографии Академии наук были в ночь на 28 июня заарестованы: очевидно, ожидалось, что им будет работа (печатание правительственных распоряжений, так как таковые всегда печатались в этой типографии). Самый манифест о восшествии на престол Екатерины II также вероятно составлен был не 28 июня, а ранее.
В это время Петр III находился в Ораниенбауме. Это был канун его именин; Петр желал начать их праздновать в Петергофе, и Екатерина должна была его там ждать.
Император приказал подать экипаж и приехал в Петергоф. Осмотрев павильон, в котором жила Екатерина, убедились, что ее там нет. По всем признакам было видно, что произошел не отъезд, а бегство; значит, надобно было предполагать что-нибудь дурное. Старые вельможи, которые окружали Петра, предлагают поехать в Петербург, разыскать и образумить Екатерину. Петр согласился; старики поехали в Петербург, но там, конечно, присоединились к Екатерине. Петр в ожидании сведений о происходившем в Петербурге ходил и сидел на берегу моря, на берегу и обедал; он слушал советы придворных и не знал, что делать: ехать ли в Кронштадт или направиться в Ревель к войскам, там собранным. Между тем прибыл с моря офицер, привезший из Петербурга фейерверк, который предполагалось сжечь по случаю именин Петра; он рассказал, что слышал шум и выстрелы и больше ничего не мог сообщить.
Но уже и этой вести было достаточно, чтобы узнать, что такое произошло в Петербурге. Петру со всех сторон советовали что-нибудь делать, но он не мог ни на что решиться, и только когда день уже склонялся к вечеру, решил ехать в Кронштадт. Но Кронштадт уже был захвачен Талызиным, и потому, когда Петр туда явился, его не приняли. Оказалось, что гавань заперта боном и оттуда кричали, что никого нельзя пускать. Петр показывается на палубе в белом мундире и с корабля объявляет, что приехал сам император. В ответ ему слышится, что императора нет, а есть императрица Екатерина, и что если он не уедет, то будут стрелять, "бомбы пускать". Начался плач дам, сопровождавших Петра; сам Петр находился почти в обмороке. Вместо того чтобы спасаться в Ревель, он стал ждать в Ораниенбауме Екатерину. Утром 29-го она явилась в Петергоф с войсками и послала свой авангард в Ораниенбаум. Войска сразу окружили дворец, и Петр оказался в плену. Все было кончено. Екатерина прислала вельмож переговорить с Петром и снабдила их текстом отречения от престола, которое Петр и принял в редакции, продиктованной Екатериной, после чего был отвезен в Ропшу; а Екатерина вернулась в Петербург, чтобы оформить дело, оправдать свой поступок в обстоятельном манифесте и успокоить свою столицу. Манифест был опубликован только спустя несколько дней, именно 6 июля. В манифесте Екатерина не поскупилась на краски до того, что потом, в 1797 г., он был изъят из обращения.
Император Павел приказал его вырвать изо всех официальных сборников; а когда Сперанский печатал Полное собрание законов, то манифест этот в нем помещен не был. В манифесте было сказано, что политика Петра был не православна и не национальна, и доказывалось это очень пространно. И вот, как раз в те дни, когда манифест был опубликован и Петербург его читал, пришло известие о смерти Петра.