Прямо сместить Хованского Софья боялась, потому что это могло раздражать стрельцов и повести к новым беспорядкам. Терпеть же его во главе военной силы казалось невозможным. Помимо того бестактного поведения, каким он отличался во время раскольничьего движения, Хованский вел себя дурно и в последующее время: он льстил стрельцам, уронил дисциплину; ходили слухи, что он грозил устранить Милославских от власти, во дворце даже говорили, что Хованский хочет завладеть царством для себя и для сына. И. М. Милославский так был напуган, что не жил в Москве, боялась и Софья. 20 августа вся царская семья уехала из Москвы, считая себя небезопасной в Кремле. После многих переездов из села в село, из монастыря в монастырь, Софья в селе Воздвиженском праздновала свои именины 17 сентября. Туда к этому дню съехались много московской знати, и вот 17-го, после обедни и приема поздравлений, цари с боярами «сидели» о деле Хованского. Боярская дума выслушала «доклад», или обвинительный акт, в котором Хованский был обвиняем в преступлениях по службе и в умысле на жизнь государей. Последний пункт обвинений был основан на подметном письме, которое брошено было на имя государей у дворцовых ворот, а написано было, говорят, И. М. Милославским. Дума приговорила Хованского и сына его Андрея к смертной казни. Их арестовали недалеко от села Воздвиженского, доставили туда и в тот же день казнили. Суд, приговор и казнь последовали в один и тот же день, внезапно, неожиданно. Очевидно, Софья боялась помехи со стороны стрельцов; боясь их волнения, она 17-го же сентября известила их грамотой, что Хованские казнены, и прибавляла, что на самих стрельцах царского гнева нет.
Но стрельцы не поверили. Они думали, что за Хованским наказание постигнет и их. Поэтому они подняли бунт; по слухам, ожидая нападения на Москву царских войск, они привели город в осадное положение и приготовились к вооруженной защите. Это заставило правительство удалиться в Троицкую Лавру (бывшую первоклассной крепостью того времени) и собирать дворянское ополчение из городов. Военные приготовления правительства показали стрельцам их собственную слабость, невозможность сопротивления и необходимость покориться. Через посредство оставшегося в Москве патриарха просят они прощения у Софьи. Софья дает им прощение с одним условием: стрельцы вполне должны повиноваться начальству и не мешаться не в свое дела; 8 октября стрельцы дают в этом клятву. Они просят позволения сломать тот почетный столб, который был поставлен в память майских подвигов. Теперь в глазах их самих и правительства майские подвиги не заслуга, а бунт.
Так кончилось смутное время, тянувшееся с мая по октябрь 1682 г. В начале ноября двор возвратился в Москву; настало так называемое «правление царевны Софьи» (1682–1689).
Таковы были придворные и политические обстоятельства, в которых родился и провел годы детства Петр. С началом правления Софьи началось его отрочество. Посмотрим, что мы знаем достоверного о детстве Петра.