Соловьев, рассматривая это следственное дело XVI века, пришел к выводу, что следствие было произведено из рук вон как плохо. Показания с показаниями просто не стыкуются. Противоречий множество. Например, кто приказал бить в колокол, и когда это произошло? Михаил и Григорий говорят, что прибежали на колокольный звон. Волохова говорит, что Григорий уже был при царевиче и бил ее, Волохову, поленом до всякого звона. Григорий говорит, что в колокол бил пономарь Огурец. А пономарь Огурец говорит, что сидел дома, а звонил сторож Кузнецов, а он, «Огурец, от себя с двора побежал в город, и, когда прибежал к церкви к Спасу, встретился ему кормового дворца стряпчий, Суббота Протопопов, и велел ему звонить в колокол у Спаса, да ударил его в шею и заставил силою звонить, говоря, что царица Марья приказывает». И это он утверждал на очной ставке с Григорием Нагим. Григорий на это ответил: «Того он не слыхал, что тому попу Федоту велел звонить Суббота Протопопов; а сказывал ему тот же поп Федот, что велел ему звонить Суббота и что прибегал к нему Михайла Битяговский, и он заперся, на колокольню его не пустил». Вызвали указанного Субботу, тот сказал: «Как приехал на двор Михайла Нагой и велел ему, Субботе, звонить в колокола для того, чтобы мир сходился, то он и приказал пономарю Огурцу звонить». Но если звонили по приказу Нагих, удивлялся Соловьев, то как они сами узнали о несчастье (пусть о том, что прибежали по звону, и врут)? Если Огурец утверждал, что прибежал на звон колокола, а звонил сторож Кузнецов, то зачем же тогда Суббота Протопопов, встреченный им по дороге, велел звонить в колокол и дал ему по шее – ведь в колокол уже звонили? Кузнецова никто на допрос даже не вызвал. Священник Богдан, вызванный на допрос, показал, что обедал у Михаила Битяговского, когда зазвонили в колокол, Битяговский тут же послал своих людей узнать, почему звонят, и они донесли, что царевича не стало, «Михайла
Ученый говорит, что, по всей видимости, собирали доказательства, что царевич зарезался сам, на все остальные показания и на противоречия между показаниями не обращали внимания.