В Ливонии шведы сумели за два года свести на нет все усилия Батория, а основные военные силы Речи Посполитой были в тот момент сосредоточены на Дунае. Когда Замойскому, а потом и Ходкевичу удалось овладеть ситуацией, для завершения кампании не хватило денег. Не помогла и победа Ходкевича над Карлом IX под Кирхгольмом (Саласпилс) 27 сентября 1605 года, когда три с половиной тысячи польских кавалеристов разгромили четырнадцатитысячную шведскую армию. Военные удачи только усыпляли бдительность поляков, давали им ощущение собственного превосходства. Тем временем, несмотря на победу над господарем Валахии Михаем Храбрым под Буковом (Румыния) 20 ноября 1600 года, потерпели крах усилия Замойского, который стремился в 1599–1600 годах подчинить Молдавию, возведя на молдавский трон представителей рода Могилы.
Турция сумела быстро восстановить свою гегемонию в этом регионе, показав, сколь бесплодны все усилия по созданию направленной против нее лиги христианских государств. Противоречия между имперскими, польскими и местными балканскими интересами были гораздо сильнее, чем стремление объединиться перед лицом турецкой угрозы. В самой же Речи Посполитой миф Крестового похода превращался в одну из иллюзий, которая мешала пониманию важнейших проблем. В 1563 году ради мнимых преимуществ в решении ливонского вопроса Польша позволила курфюрсту Бранденбургскому взять в управление герцогство Пруссия.
Следует сказать несколько слов о важнейшем для польской истории религиозном вопросе.
Процессы полонизации на украинско-белорусских землях сопровождались в значительной степени принятием католицизма. Это справедливо в первую очередь по отношению к тем слоям общества, которые стремились перейти в шляхетское сословие. В XVI веке появились протестанты.
Эхо выступлений Лютера и религиозные «новшества» быстро достигли Польши благодаря немецкому населению городов и молодежи, обучавшейся в немецких университетах. Лютеранство получает распространение уже после 1520 года, а в 1522 году издается королевский эдикт, направленный против реформирования костелов. После 1540 года популярность завоевывает кальвинизм, в первую очередь в шляхетской среде. Наиболее широкое распространение кальвинизм получил в Литве, где он пользовался покровительством могущественного рода Радзивиллов. Переходя в протестантизм, шляхта переделывала католические церкви в протестантские, а местное население фактически не могло выбирать вероисповедание. Быстрое распространение Реформации только отчасти было связано с кризисом религиозных убеждений. Гораздо чаще от католицизма отворачивались по причине его глубочайшего упадка. Высшее духовенство вело светский образ жизни, с небрежением относясь к своим церковным обязанностям. Шляхта неодобрительно смотрела на налоговые льготы Католической церкви. Всем вероисповеданиям в начале XVI века был присущ антиклерикализм; многие представители епископата, бывшие в большей степени гуманистами и политиками, чем духовными лицами, способствовали своим образом жизни и взглядами распространению протестантских тенденций. Шляхетская реформация, в свою очередь, была явлением поверхностным, не имела под собой серьезного теологического фундамента. И именно это считается причиной того, почему многие представители шляхты возвращались в лоно католицизма.
Такие протестанты, как Рафал Лещинский, Иероним Оссолинский или Миколай Сеницкий, были в середине XVI века предводителями посольской избы, выступавшей за реформирование Речи Посполитой. Они боролись и за создание независимой от Рима национальной Церкви.
Заключенное в 1570 году в Сандомире соглашение кальвинистов, лютеран и «чешских братьев» носило оборонительный характер и было нацелено против Контрреформации. Без сомнения, самым значительным успехом польских протестантов стал акт Варшавской конфедерации (1573), гарантировавший религиозный мир в Речи Посполитой. Шляхта была заинтересована в том, чтобы религиозные споры не привели к гражданской войне. Однако уже во времена Батория и особенно Сигизмунда III католики пользовались очевидной поддержкой королевской власти, а протестанты дискриминировались.
В конечном итоге протестантизм оказал незначительное влияние на формирование польской религиозности. Процесс становления польского католицизма продолжался довольно долго. Протестантская Реформация и католическая Контрреформация влияли на изменение шляхетского самосознания. Католики и протестанты пользовались одним и тем же языком, боролись за аналогичные права, одинаково использовали свое привилегированное положение. Однако у католицизма, как показало время, способность консолидировать общество оказалась сильнее.