Павел Сергеевич из Казани не раз жаловался Екатерине и своему брату на действия Панина. Особенно возмутил Потбмкина случай с мценским купцом Тимофеевым. Последний служил секретарем Пугачева, действовал под именем А. И. Дубровского и являлся составителем указов мнимого императора Петра III. Захватив его среди пленных, Панин не только не передал пойманного следственной комиссии, но и жестоким обращением во время допросов довел до смерти93
. Из рук правительства ушел один из главных свидетелей, который, по словам Павла Сергеевича, был «всех умнее». В могиле «тайны нужные вместе с ним погребены», заключал Потемкин. Почему Петр Иванович сначала долго держал «обер-секретаря» в Царицыне и Саратове, а когда встал вопрос о его передаче, просто убил на допросе? Что мог рассказать 24-летний грамотный соучастник Пугачева? Об этом остается только догадываться. Повстанцы не раз посылали тайных представителей к наследнику престола, пытаясь действовать и от его имени. Любые сведения подобного рода компрометировали цесаревича.Пугачев был арестован 9 сентября своими сообщниками, которые передали «злодея» Суворову. 18 сентября Суворов выступил из Яицкого городка во главе отряда, конвоировавшего Пугачева, намереваясь самостоятельно доставить «трофей» в Москву. Однако Петр Панин не собирался уступать подчиненному славу «спасителя Отечества» и ордером за своей подписью заставил его свернуть в Симбирск. Там 2 октября Суворову пришлось сдать пленника Панину. Командующий от имени императрицы публично поблагодарил «обобранного» им военачальника за службу. Наблюдавший эту сцену генерал-майор Павел Потемкин в самых желчных тонах описал императрице теплый прием, оказанный Суворову Паниным. Худшей характеристики в глазах Екатерины и быть не могло.
Ее ироничный отзыв в записке Потемкину уничтожал всю заслугу Суворова в поимке «злодея»: «Галубчик, Павел прав: Суворов тут участия более не имел как Томас (комнатная собачка императрицы.
К декабрю следствие над Пугачевым было в общих чертах завершено. На заседании 18 сентября Совет слушал и обсуждал проект манифеста об окончании следствия над Самозванцем95
. Документ читал Потемкин, он же, по просьбе Екатерины, писал окончание манифеста и правил его текст96. Следовало приступать к суду, что также должно было вызвать немало разногласий.В Первопрестольной разгорелась последняя схватка между сторонниками и противниками императрицы в деле, связанном с крестьянской войной. Сама Екатерина официально не принимала участия в следствии. Но ее переписка с П. С. Потемкиным, М. Н. Волконским и генерал-прокурором Сената А. А. Вяземским, председательствовавшим на суде, доказывает, что она ни на минуту не выпускала из рук нитей дела и проводила через своих приверженцев нужные ей решения97
.За спиной множества крупных чиновников, съехавшихся на суд в Москву, Петр Панин оказался несколько оттеснен на второй план, хотя императрица всячески демонстрировала ему свое благоволение и советовалась по поводу подготавливаемых документов. Панинская группировка старалась повлиять на суд, добиваясь сурового наказания вожаков восстания, в частности смертной казни через четвертование, по крайней мере для 30–50 человек. Такой шаг преследовал целью не только устрашение. Со времен казни стрельцов при Петре I Москва не видела такого числа жертв. За годы царствования Елизаветы Петровны, давшей обет «никого не казнить смертью», в России вообще отвыкли от подобных зрелищ. Никита Иванович Панин помнил, как неприятно был поражен Петербург казнью В. Я. Мировича, ведь столица ожидала помилования. Обильная кровь на московских плахах не могла вызвать восторга в обществе. Партия наследника престола стремилась прочно связать имя императрицы со страшными событиями крестьянской войны и жестокой расправой над повстанцами. Одно дело — вешать мятежников в далеком Оренбуржье, и совсем другое-в сердце страны, на глазах у всего дворянства. Сам собой напрашивался вопрос: а достоин ли царствовать государь, допустивший в России новую смуту и такую кровавую расправу с побежденными?