Летом 1789 года объединенные русско-австрийские войска в Молдавии добились потрясающего успеха. Австрийские солдаты захватили Белград. Русские подразделения заняли порт Гаджибей (на месте которого позже была основана Одесса) и важные крепости Бендеры и Аккерман. Весь бассейн реки Днестр находился в руках русских. Турция, которая становилась все слабее, заключила в июле 1789 года союз со Швецией, ожидая, что это отвлечет на север русские войска.
Не все цели России были достигнуты. Уже во время осады Очакова императрица дала поручение начинать мирные переговоры. Договор мог быть заключен только при условии, что русские границы продвигались до Днестра. Эти требования императрицы послужили предпосылкой русско-австрийских побед на реках Прут и Дунай. У России существовал также план создать после победы над турками из Молдавии, Бессарабии и Валахии буферное государство. Но сразу не удалось заключить ни мирный договор, ни создать такое государство.
Русский флот отдыхал после катастрофы под Варной и постепенно усиливал контроль над судоходством на Черном море. Потемкин любил флот, и его успехи в создании вызывают действительно восхищение. За исторически короткое время он сумел буквально на пустом месте создать Черноморский флот. Первая верфь в Херсоне была запущена в эксплуатацию в 1778 году. Верфи в Севастополе, построенные в 1783 году, к началу второй турецкой войны еще не начали работать в полную силу. Большие судостроительные сооружения в Николаеве возводились уже в условиях войны.
Корабли отличались хорошим качеством постройки, были маневренными и скоростными, их команды хорошо подготовлены. И в данном отношении Потемкин опровергал своих критиков, которые никогда не переставали обвинять его в инсценировке сомнительных и иллюзорных планов. При этом создание Черноморского флота было только одним из направлений, где проявились результаты его неутомимой деятельности.
Даже во время войны, когда он должен был заботиться в первую очередь о планах операций и активном командовании армией и флотом, Потемкин не пренебрегал своими разнообразными обязательствами по управлению всей Российской империей. По-прежнему он оставался генерал-губернатором обширных территорий России. Программа колонизации юга должна была проводиться дальше, даже в условиях, ограниченных войной. Потемкин нес ответственность за снабжение и вооружение всех трех армий, сражающихся с турками. Он велел прокладывать дороги и транспортные артерии, а после отставки и смерти Никиты Панина заниматься вопросами внешней и внутренней политики. Критики, которые могли разглагольствовать о настроениях Потемкина, о его эксцентрическом образе жизни, о депрессивных периодах или о роскошных праздниках, не удосуживались или не хотели признавать его заслуги. Только человек с неординарными способностями мог справиться с гигантским объемом работы, которую Потемкин выполнял ежедневно.
В те годы он видел императрицу, находившуюся в далеком Петербурге, очень редко. Но она постоянно обращалась к нему в письмах за советом, оживляя поток переписки, которая принадлежала, по-видимому, уже почти забытому прошлому. Так как сама Екатерина едва ли представляла картину жестоких реальностей на театре военных действий, она засыпала его в письмах многочисленными мелочами.
Уже в более ранние годы Потемкин с трудом выносил любовь императрицы ко всяческим второстепенным деталям. В условиях войны это давалось ему еще тяжелее. Только иногда, если его терпение заканчивалось, он записывал это. Когда императрица назначала старого генерала Прозоровского, одного из ранних командиров Потемкина со времен первой турецкой войны, Московским генерал-губернатором, он отвечал на это сообщение: «Ваше Величество достали из вашего арсенала как раз самую редкую пушку, которая будет стрелять, без сомнения, по Вашей цели, так как она не имеет никакой собственной. Примите только во внимание, что имя Вашего Величества не было полито кровью в глазах будущего поколения». Пожалуй, не имелось другого человека в Русском государстве, который мог в таком тоне говорить об уязвимом месте императрицы!
Но Екатерина по-прежнему тосковала о своем Грише и дальше доверяла ему без ограничений. Она знала меру его заслуг и понимала, что под гигантской нагрузкой он медленно уставал. Она одобряла его, выносила его настроения и защищала его всеми возможными способами от врагов, интриганов и напастей. Одновременно деловая и интимная обширная переписка между Екатериной и Потемкиным служила ему во время войны, без сомнения, мощным источником энергии. Потому что кому, как не матушке-императрице, он мог доверять еще? Он делился с ней своими сомнениями и не скрывал сумрачного настроения.