Одновременно с ОМОНами в 1989 году в МВД СССР было создано Управление по борьбе с организованной преступностью, а в регионах возникли РУОПы. Главное управление по борьбе с организованной преступностью (ГУОП) возглавил генерал-полковник милиции Михаил Константинович Егоров, первый заместитель министра внутренних дел. Всего по стране насчитывалось тринадцать РУОПов (региональных управлений по борьбе с организованной преступностью).
Прообразом внутренней структуры РУОПов, с учетом особенностей возлагаемых на них задач и требований времени, стали действовавшие в свое время немецкие команды, в которых одной составляющей была агентура, другой — следователи, а третьей — добровольцы, физическая поддержка.
В каждом РУОПе действовало три отдела. Первый — информационный, второй — оперативный и третий — подразделение, которое должно было реализовывать оперативные разработки. Таким образом, в 1992 году появился СОБР — специальный отдел быстрого реагирования. Вначале это был именно отдел, и командир отдела являлся заместителем начальника РУОП. Однако все упорно называли СОБР отрядом, и в конечном итоге он отрядом и стал.
Задумывались СОБРы, также как и ОМОНы, для облегчения работы оперативных сотрудников. Оперативник не должен растрачивать свою энергию на задержания, обыски, конвоирование. Работа оперативника отчасти схожа с творческой профессией. В нее входят сбор информации из разных источников и аккумулирование полученных сведений, создание толкового плана, который сработает на все сто процентов. СОБР как раз и должен реализовывать этот план. Каждый — на своем месте.
Учебный центр, как и планировалось, был создан в СОБРе РУОПа по Московской области. Из тринадцати региональных управлений, у каждого из которых было более десятка СОБРов, приезжали в центр бойцы для обучения и тестирования.
Некоторые из СОБРов переименовали в ОМСН (отряд милиции специального назначения), что почти дублирует название ОМОН, однако ОМСН так и остались офицерскими отрядами. РУОПы сначала переименовали в РУБОПы, а затем, после реформы региональных управлений по борьбе с организованной преступностью, эти управления стали называться УБОП СКМ (управления по борьбе с организованной преступностью службы криминальной милиции).
Отряды милиции особого назначения и получили дальнейшее развитие после того, как был создан специализированный ОМОН на воздушном и водном транспорте. Сначала в июне 1991 года приказом по Московскому УВД на воздушном и водном транспорте была создана отдельная рота милиции специального назначения. Это решение было вызвано необходимостью усиления безопасности полетов воздушных судов гражданской авиации, охраны речного транспорта и гидротехнических сооружений на фоне общей нестабильности и сложной криминогенной обстановки в стране.
Изначально подразделение называлось ротой специального назначения. В ее состав входило всего пять человек, и размещались они в небольшой комнате на улице Марины Расковой. Позже, когда штаты увеличились до ста человек, подразделение перевели в помещение линейного отдела на речном транспорте. После 1995 года отряд перебазировался на свое постоянное место, где находится и по сей день.
У подразделения как бы две даты рождения — 1991 год, когда появилась рота спецназа, и 1993 год, когда по приказу министра внутренних дел Российской Федерации на базе роты был создан отряд милиции особого назначения при Московском УВД на воздушном и водном транспорте.
Территориально отряд расположен на окраине Москвы, рядом с МКАД. Это позволяет в случае экстренного вызова добраться до аэропортов «Внуково», «Домодедово», до Северного речного вокзала за считаные минуты.
Тренировки омоновцы проводят у себя на базе. В нескольких пустующих домах отрабатывают штурм и захват. Свою территорию они иногда предоставляют для боевой подготовки СОБРа, ОМОНа ГУВД и бойцов «Альфы».
В начале 90-х бойцы отряда почти ежедневно участвовали в силовых задержаниях, помогая оперативникам из уголовного розыска и сотрудникам РУБОП захватывать участников бандитских группировок, которые в те годы заполонили столицу.
В 1993–1994 годах в аэропорту «Домодедово» пыталась взять власть в свои руки солнцевская организованная преступная группировка. Бандиты устанавливали в аэропорту свои порядки. Действовали нагло и дерзко. Транспортная милиция с группировкой справиться не могла.
За один день боевики из группировки были способны ограбить несколько автобусов «Икарус», которые перевозили пассажиров от аэропорта до Москвы. Когда «Икарус» выезжал на Каширское шоссе, его подрезал один легковой автомобиль, а сзади блокировал другой. Остановив автобус на обочине, бандиты заходили в салон и грабили пассажиров. Таким же образом они грабили водителей грузовиков.
Бойцы ОМОНа стали контролировать почти каждый автобус на маршруте аэропорт — Москва. Они неоднократно вступали в схватку с вооруженными бандитами и в конце концов навели порядок.