Примечательно то, что многие биографы также старались доказать, что Флеминга постоянно подводили биохимики, которым он доверил выделение и очистку активного ингредиента — «сока» плесени
Открытие Флемингом лизоцима сопровождалось огромной радостью, сменившейся полным разочарованием. Хотя этот фермент успешно боролся с некоторыми микробами, на патогенные бактерии он не действовал никак. Показав Прайсу свою чашку Петри, он воодушевился. Понимая, что это нечто неординарное, он сфотографировал чашку и обработал парами формалина. Освоив необходимые методы, он стал получать обнадеживающие результаты. Они показали, что «сок» пенициллиновой плесени эффективно подавлял самые опасные бактерии в чашках Петри, но был неэффективен против некоторых видов бактерий, в частности «бациллы Пфайфера». Это очень важная бактерия, которая теперь называется
Сначала он проводил опыты со смесями, содержащими сыворотку крови, чтобы понять, отличает ли пенициллин бактерии от клеток организма. К большому его удовлетворению, кровяные клетки выживали. Тем не менее именно на этом этапе у него возникли первые сомнения. «Плесневому соку» требовалось несколько часов, чтобы убить бактерии в сыворотке. Более того, всего через пару часов он терял свои бактерицидные свойства. Отложив сомнения в сторону, Флеминг ввел пенициллин здоровым подопытным животным. У них никаких побочных эффектов не развилось. Однако пробы крови показали, что лекарственный потенциал пенициллина терялся за считаные минуты.
Флеминг до этого демонстрировал, что вне организма требуется четыре часа, чтобы бактерии погибли. Поэтому ему пришлось признать, что терапевтические свойства пенициллина весьма ограниченны. Десятью годами позже врачи и медицинские сестры столкнутся с той же проблемой. Поначалу влияние пенициллина на инфицированные раны будет огромным, однако для полного излечения требовалось столько пенициллина, что его запасов у врачей не хватало, и пациент, оплакиваемый медперсоналом, умирал. В конце концов, проблему могло бы решить массовое производство пенициллина. Однако в 1928 году Флеминг, причем не без оснований, почувствовал, что его исследования могут закончиться ничем.
Энтузиазм сохранялся у Флеминга довольно долго, и он даже принял на работу двух молодых биохимиков, чтобы решить проблему производства чистого пенициллина. Фредерик Ридли и Стюарт Крэддок приступили к работе в начале 1929 года. Тем не менее уже тогда стало ясно, что интерес Флеминга начинает остывать, да настолько, что он даже не стал искать для своих биохимиков необходимого помещения. К неудобству всего остального персонала, работавшего в здании, их лабораторный стол поставили в коридоре прямо перед входом в туалеты. Оба играли в регби в местной команде и обладали могучим телосложением, что добавляло еще больше неудобств тем, кто хотел пройти мимо них.