Правители России: Старая площадь и Белый дом

С 19 октября 1992 года Фрадков — заместитель, а с 12 октября 1993 года — первый заместитель Министра внешних экономических связей Российской Федерации Петра Авена (два месяца перед его отставкой[30]) и Сергея Глазьева (с декабря 1992 года). На своем посту Фрадков курировал внешнеэкономические связи российских регионов.

В этот период Фрадков входил в различные межведомственные и правительственные комитеты и комиссии, в частности, являлся членом межведомственной комиссии по стимулированию промышленного экспорта (с 19 марта 1993 года), Продовольственной комиссии Правительства РФ (с 13 декабря 1993 года), межведомственной комиссии по защите государственных интересов, прав потребителей и отечественных товаропроизводителей в сфере производства и реализации алкогольной продукции (с 5 июня 1994 года), Межведомственной комиссии по анализу предложений о приостановлении действий (отмене) законов и иных нормативных актов РФ, не имеющих финансовой базы для реализации (с 18 января 1995 года).

С октября 1993 года, после назначения Олега Давыдова министром Фрадков стал первым заместителем министра внешних экономических связей РФ. С 28 января 1997 года по 2 февраля 1998 года он — член Правительственной комиссии Содружества независимых государств.

В 1997 году Фрадков готовился занять пост посла России в ЕС, однако 26 марта 1997 года был назначен и.о. Министра внешнеэкономических связей и торговли РФ, 16 апреля 1997 года стал Министром внешнеэкономических связей и торговли РФ.

С марта 1997 года Фрадков — председатель российской части межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству с США, Польшей, Финляндией и Францией.

20 августа 1997 года Указом Президента РФ Фрадков был введен в состав Координационного межведомственного совета по военно-техническому сотрудничеству РФ с иностранными государствами. С 19 сентября 1997 года по 24 декабря 1998 года — член Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по международной безопасности.

30 апреля 1998 года министерство было упразднено, а Фрадков был назначен председателем ликвидационной комиссии.

14 мая 1998 года на собрании акционеров Фрадков был избран председателем Совета директоров компании «Ингосстрах». Его кандидатуру в состав Совета была рекомендована государством, которое владело 8,5% акций компании. По слухам, определенную роль в его назначении сыграл Евгений Примаков. С 23 февраля 1999 года Фрадков занял пост генерального директора АО «Ингосстрах», а пост председателя Совета директоров достался Наталии Раевской («Автобанк»).

25 мая 1999 года Указом Президента РФ Фрадков вернулся на госслужбу — был назначен министром торговли РФ в правительстве Сергея Степашина. С 25 сентября 1999 года, одновременно, Фрадков занял пост представителя РФ в исполкоме союза России и Белоруссии, а с июля 1999 года стал заместителем председателя российской части — сопредседателем комитета по развитию делового сотрудничества Российско-Американской комиссии по экономическому и технологическому сотрудничеству.

После отставки Правительства Степашина с 9 августа 1999 года Фрадков являлся и.о. министра торговли РФ. 19 августа 1999 года Указом Президента РФ он вновь был назначен министром торговли РФ в Правительстве Владимира Путина.

6 сентября 1999 года Фрадков опять был включен в состав Комиссии при Президенте РФ по вопросам военно-технического сотрудничества с иностранными государствами.

С 1 января по 7 мая 2000 года Фрадков исполнял обязанности министра торговли РФ, а 7 мая 2000 года правительство В.Путина ушло в отставку. В новый состав правительства (председатель — Михаил Касьянов) Фрадков не вошел, а министерство торговли было вообще упразднено (функции переданы в Минэкономразвития).

31 мая 2000 года Фрадков был назначен первым заместителем секретаря Совета Безопасности РФ и вошел в команду Сергея Иванова. До этого, по некоторым данным, его прочили на пост заместителя министра по экономическому развитию и торговли. В Совбезе Фрадков курировал вопросы экономической безопасности.

С августа 2000 года Фрадков вновь стал членом Комиссии при Президенте РФ по вопросам военно-технического сотрудничества Российской Федерации с иностранными государствами.

28 марта 2001 года Указом Президента РФ Фрадков был назначен руководителем Федеральной службы налоговой полиции (ФСНП). По некоторым данным, он был одним из самых активных сборщиков досье на нефтяную компанию ЮКОС, которое в дальнейшем легло в основу так называемого «дела ЮКОСа». Говорили также, что Фрадков планировал создание в ФСНП своей отдельной финансовой разведки.

11 марта 2003 года указом Президента РФ Путина ФСНП была упразднена. Штат и материальная база ФСНП были переданы в ведение вновь созданного Государственного комитета по борьбе с распространением наркотиков, а функции по пресечению налоговых преступлений — в МВД России.