Все древние литургические чины — как восточные, так и западные, как сохранившиеся в употреблении, так и вышедшие из употребления — подчеркивают, что евхаристические хлеб и вино после преложения суть «самое честное Тело и Кровь» Господа Иисуса Христа (литургия Василия Великого), «Пречистое Тело» и хлеб и вино после освящения утрачивают свою «сущность», превращаясь в Тело и Кровь Христа. Развивая эту теорию, Фома Аквинат пользуется аристотелевским различием между субстанцией (сущностью) и акциденциями (свойствами): субстанция делает вещь вещью, является ее онтологической основой, а акциденции суть вторичные свойства, воспринимаемые нашими чувствами. В момент пресуществления Святых Даров их онтологическая сущность меняется, тогда как свойства остаются прежними, почему они и продолжают выглядеть как хлеб и вино. Сохранение свойств хлеба и вина необходимо потому, что, во–первых, «у людей нет обычая есть человеческую плоть и пить человеческую кровь», а во–вторых, «вкушая Тело и Кровь нашего Господа в их невидимом присутствии, мы увеличиваем заслуги нашей веры».
Данное учение было догматизировано IV Латеранским Собором в 1215 году. Тридентский Собор (1545—1563) постановил: «Через освящение хлеба и вина совершается изменение всей субстанции хлеба в субстанцию Тела Христа Господа нашего и всей субстанции вина — в субстанцию Его Крови; это изменение Католическая Церковь справедливо и точно назвала пресуществлением».
В эпоху Реформации и Контрреформации католическое учение о пресуществлении стали использовать в полемике против протестантов, отрицавших реальность преложения хлеба и вина в Тело и Кровь Христа (однако еще до появления протестантизма его использовал константинопольский патриарх Геннадий Схоларий в XV в.). В середине XVII века латинское учение о пресуществлении было взято на вооружение православными богословами, полемизировавшими с учением патриарха Кирилла Лукариса: последний под влиянием кальвинизма фактически отрицал реальность Тела и Крови Христа в Евхаристии. Впоследствии термин «пресуществление» вошел в так называемые символические книги Православной Церкви и в семинарские курсы догматического богословия.
Начиная с середины XIX века в православной среде стали раздаваться голоса против католического учения о пресуществлении. Первым с критикой этого учения выступил русский славянофил А.С. Хомяков. Среди других противников латинского понимания пресуществления были В.В. Болотов и протоиерей Сергий Булгаков, а вслед за последним — другие русские богословы: П. Евдокимов, Н.Д. Успенский, протопресвитеры Иоанн Мейендорф и Александр Шмеман. В споре о пресуществлении эти богословы видели фундаментальное расхождение между Востоком и Западом. По мнению наиболее крайних противников латинского учения о пресуществлении, православное понимание Таинства Евхаристии предполагает веру в то, что естество хлеба и вина сохраняется после преложения Святых Даров.
Однако в православной среде есть и немало сторонников учения о «пресуществлении». Последние не принимают полностью латинскую концепцию изменения сущности при сохранении свойств, однако настаивают на том, что после превращения хлеба и вина в Тело и Кровь Христа сущность хлеба и вина в евхаристических Дарах не сохраняется. Учение о пресуществлении принимается этими богословами по сути, а термин «пресуществление» объявляется эквивалентным традиционному восточно–христианскому термину «преложение». Таким образом, расхождение между Востоком и Западом оказывается не разногласием по существу, а лишь терминологическим спором.
Полностью решить вопрос при помощи цитат из творений восточных отцов Церкви вряд ли возможно. Одни и те же цитаты приводятся сторонниками и противниками учения о «пресуществлении», при этом толкование цитатам дается разное, иногда прямо противоположное. Причиной отсутствия в восточно–христианской святоотеческой традиции четкого и однозначного мнения о том, сохраняется ли естество хлеба и вина после преложения или нет, является прежде всего таинственный и необъяснимый характер преложения, не подвластный человеческому рассудку. Кроме того, вопрос о том, что именно происходит с хлебом и вином на Евхаристии, не был предметом спора в эпоху Вселенских Соборов, а потому на православном Востоке не был догматизирован тот или иной ответ на данный вопрос.
Восточные отцы Церкви безусловно сходятся в том, что естество хлеба и вина в момент преложения становится реальным, а не призрачным Телом Христа. Для византийского богословия, отмечает протопресвитер Иоанн Мейендорф, евхаристический хлеб и вино не суть «тип», «символ» или «образ» Тела Христова: это сама «Плоть Бога», Который пришел, чтобы спасти плоть человека. Однако дальше этого евхаристического реализма византийские богословы не шли: для них Евхаристия всегда оставалась тайной, объяснение которой выходит за рамки человеческих возможностей. Как подчеркивает Иоанн Дамаскин, преложение Святых Даров на Евхаристии несомненно происходит, но способ преложения нам неизвестен: