Как и в литургии, в крещении после начального возгласа следует великая ектения. К ней добавляются прошения о воде: чтобы она была освящена силой, действием и сошествием Святого Духа; чтобы на нее была ниспослана благодать избавления и благословение иорданское; чтобы на нее снизошло очистительное действие Сверхсущностной Троицы; чтобы она получила силу отгонять наветы всех видимых и невидимых врагов. Добавляется прошение о всех присутствующих (священнике и членах церковной общины): чтобы, наитием Святого Духа, они просветились просвещением разума и благочестия. Особые прошения возносятся о крещаемом: чтобы он был достоин нетленного Царства Божия; о его спасении; чтобы он был явлен чадом света и наследником вечных благ; чтобы он был причастником смерти и воскресения Христа; чтобы он до дня Страшного Суда сохранил одежду крещения и обручение Духа нескверным и непорочным.
Во время произнесения этой ектении священник молится о самом себе (эта молитва по содержанию напоминает молитву «Никтоже достоин» из Божественной литургии):
:
Содержание молитвы показывает, что священник в Таинстве крещения не должен быть лишь орудием в руках Господа, пассивным приемником и проводником внешней по отношению к нему и чуждой ему благодати. Таинство крещения может оказать очищающее действие и на него самого, а сошествие Святого Духа может стать и для него, и для всей церковной общины источником освящения, просвещением разума и благочестия. В молитве устанавливается связь между священником, крещаемым, церковной общиной и совершаемым Таинством. По словам протопресвитера Александра Шмемана, «молитва священника о себе напоминает нам… о нашей зависимости друг от друга в том, что касается духовного роста и исполнения. Она показывает, что крещение — не самоцель, а начало процесса, в котором решающую роль должна сыграть вся община, а особенно пастырь».
Далее священник трижды возгласно произносит: «Велий еси, Господи, и чудна дела Твоя, и ни едино же слово довольно будет к пению чудес Твоих». Следует молитва, по своей структуре напоминающая евхаристическую анафору: она включает благодарственное обращение к Богу, воспоминание истории человечества от сотворения мира, воспоминание о домостроительстве пришествия в мир Спасителя и, наконец, прошение о ниспослании Святого Духа. Однако если в молитве анафоры основной акцент делается на Тайной Вечери и преложении хлеба и вина в Тело и Кровь Христа, то в молитве освящения воды вспоминается Крещение Иисуса во Иордане: