30 марта на заседании Политбюро был принят план разгрома Церкви, включающий арест Синода и патриарха, развертывание новой антирелигиозной кампании в прессе, изъятие церковных ценностей по всей стране. Патриарха Тихона начали вызывать в ГПУ и подвергать допросам. По всей стране начались судебные процессы против священнослужителей и мирян, обвинявшихся в сопротивлении изъятию церковных ценностей. 26 апреля подобный процесс, на котором предстало 20 священников и 34 мирянина, открылся в Москве. В конце мая был арестован Петроградский митрополит Вениамин (Казанский): ему и 85 другим лицам было предъявлено обвинение в подстрекательстве верующих к сопротивлению властям. Процесс был публичным, длился около месяца, и тысячи верующих следили за ним. 4 июля митрополит Вениамин произнес последнее слово, в котором сказал: «Я не знаю, что вы мне объявите в вашем приговоре, жизнь или смерть, но что бы вы в нем ни провозгласили, я с одинаковым благоговением обращу свои очи горе, возложу на себя крестное знамение (святитель при этом широко перекрестился) и скажу: «Слава Тебе, Господи Боже, за все»". Митрополит и несколько других лиц были приговорены к расстрелу, а большинство обвиняемых — к разным срокам тюремного заключения. В ночь с 12 на 13 августа митрополит Вениамин, архимандрит Сергий (Шеин), Ю. Новицкий и И. Ковшаров были расстреляны. Незадолго до расстрела митрополит Вениамин направил письмо одному из петроградских благочинных:
В 1918 году, когда начались казни архиереев, а некоторые епископы уехали за границу, Церковь начала приводить в исполнение решение Поместного Собора об увеличении епископских кафедр. В 1918 году было рукоположено 4 новых епископа, в 1919–м — 14, в 1920–м — 30, в 1921–м — 39. Состав епископата, таким образом, был значительно обновлен. Однако уже в 1922 году около половины епископата было отправлено в ссылку.