Хотя принцип соответствия церковных областей гражданским территориальным единицам принимался в древней Церкви в качестве руководящего, он никогда не абсолютизировался и не воспринимался как безальтернативный. Свидетельством тому является конфликт между святителем Василием Великим и епископом Анфимом Тианским, хорошо документированный благодаря, в частности, подробному описанию его в сочинениях Григория Богослова. Суть конфликта заключалась в следующем. Когда летом 370 года Василий Великий вступил в управление Каппадокийской Церковью, Каппадокия представляла собой единую провинцию с центром в Кесарии. Однако зимой 371—372 года император Валент разделил Каппадокию на две области — Каппадокию I со столицей в Кесарии и Каппадокию II со столицей в Тиане. Епископ Тианский Анфим в соответствии с новым гражданским делением стал действовать в качестве митрополита Каппадокии II, не признавая юрисдикцию над ней Василия Великого; последний же продолжал считать себя митрополитом всей Каппадокии, в соответствии с прежним территориальным делением. Чтобы упрочить свою власть, Василий весной 372 года рукоположил епископов в города, де–факто вошедшие в «каноническую территорию» Анфима: в Сасимы он назначил своего друга Григория (Богослова), а в Ниссы — своего брата, тоже Григория. В 374 году двоюродный брат Григория Богослова и верный ученик Василия Амфилохий был назначен епископом Иконии. Все эти деяния Анфим Тианский воспринимал как неканонические и всячески препятствовал деятельности назначенных Василием епископов. Впоследствии, уже после смерти Василия в 379 году, епископы Каппадокии II фактически признали Анфима Тианского в качестве митрополита этой церковной области.
В эпоху I Вселенского Собора существовало несколько церковных областей, обладавших правами митрополий. В частности, 6–е правило этого Собора упоминает епископов Александрии и Антиохии как обладающих, наряду с епископом Рима, властью над епископами своих областей, а 7–е правило такой же властью наделяет епископа Иерусалимского. (В этот же период существовали и другие митрополии, как, например, Ефеса, Кесарии Каппадокийской, Ираклии, Милана, Карфагена, однако в дальнейшем их значение стало ослабевать.)
После провозглашения Константинополя столицей Восточной империи и усвоения ему статуса «нового Рима» в начале IV века права митрополита получил епископ Константинополя. К 8о–м годам IV века Константинопольский епископ по значению становится вторым после Римского, что закреплено 3–м правилом II Вселенского Собора, гласящим: «Константинопольский епископ да имеет преимущество чести по римском епископе, потому что град сей есть новый Рим». IV Вселенский Собор (451) дал следующую мотивацию этого решения: «Престолу ветхого Рима отцы прилично дали преимущество, поскольку это был царствующий град. Следуя тому же побуждению, и 150 боголюбезнейших епископов предоставили равные преимущества святейшему престолу Нового Рима, правильно рассудив, чтобы город, получивший честь быть городом царя и синклита и имеющий равные преимущества с ветхим Римом, и в церковных делах был возвеличен подобно тому, и был вторым после него». Таким образом, первенство Римского епископа воспринималось восточными отцами не как обусловленное преемством этого епископа от апостола Петра, а как основанное на политическом значении Рима как столицы империи. Точно так же преимущества Константинопольского престола вытекали не из его древности (Иерусалимский, Александрийский и Антиохийский престолы были древнее) и не из каких–либо иных церковных предпосылок, а исключительно из политического значения Константинополя как «города царя и синклита».
В VI веке предстоятели наиболее древних христианских Церквей, в том числе Константинопольской, начинают именоваться патриархами. К этому же периоду относится развитие в византийском богословии идеи «пентархии», в соответствии с которой Вселенская Церковь возглавляется пятью патриархами — Римским, Константинопольским, Александрийским, Антиохийским и Иерусалимским. На Востоке данная идея была законодательно закреплена императором Юстинианом, однако на Западе ее легитимность никогда не признавалась.