Против секуляризации церковных земель при Екатерине II энергично протестовал митрополит Ростовский Арсений (Мацеевич; 1697—1772). В 1762 году он направил в Синод два «доношения», в которых резко критиковал распоряжения императрицы и доказывал, что церковное достояние должно быть неприкосновенным. Императрица возмутилась содержанием доношений, увидела в них бунтарские настроения и приказала Синоду лишить Арсения архиерейского сана. Как простой монах Арсений был сослан в отдаленный монастырь. Не удовольствовавшись этой расправой, в 1767 году Екатерина приказала расстричь Арсения и под именем «Андрея–враля» заточить в Ревельский каземат, где он содержался в нечеловеческих условиях. После смерти Арсения началось его народное почитание, которое завершилось его канонизацией на Архиерейском Соборе 2000 года. Однако на современную Арсению церковную иерархию его судьба произвела сильное и жуткое впечатление, заставив ее молча наблюдать за проведением секуляризации.
Начатые Петром I и продолженные его преемниками реформы, нанесшие сокрушительный удар по высшей церковной власти и монашеству, способствовали в то же время развитию духовного образования. Это напрямую вытекало из взглядов Петра на необходимость просвещения народа и на Церковь как на один из институтов, который должен этому способствовать. Духовные школы начали открываться в Московской Руси еще до Петра: в частности, в 1685 году братья Иоанникий и Софроний Лихуды открыли в Москве Славяно–греко–латинскую академию, впоследствии преобразованную в Московскую духовную академию. Однако при Петре I, особенно после издания «Духовного регламента», открытие духовных школ приобрело систематический характер. Только в период между 1721 и 1725 годами семинарии и училища открылись в Санкт–Петербурге, Нижнем Новгороде, Харькове, Твери, Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, Рязани, Вологде и Пскове. Духовные школы продолжали открываться в течение всего XVIII века. К 1808 году в России насчитывалось 150 духовных школ, а к 1825 году, после учебной реформы императора Александра I, их было уже 340, в том числе 3 Духовных академии (Киевская, Московская и Санкт–Петербургская), 39 семинарий, 128 Духовных училищ и 170 церковноприходских школ.
Характерной особенностью духовных школ, созданных в петровскую и послепетровскую эпоху, было то, что преподавание в них велось на латыни, а учебная программа копировала программу западных иезуитских школ XVII века. Это было вызвано влиянием Киевской академии и ее выпускников, которые, приезжая в Московскую Русь, становились здесь архиереями, ректорами и преподавателями духовных школ. На латыни читались лекции, писались сочинения, принимались экзамены. «При такой настойчивой дрессировке в латинском языке, — пишет П. Знаменский, — ученики доходили до изумительной свободы в его употреблении… так что они, кажется, и мыслили по–латыни; по крайней мере когда им случалось что–нибудь записывать по–русски… они невольно пересыпали русскую речь латинскими фразами, а некоторые знатоки так и все сочинения писали первоначально на языке латинском, а потом переводили с него на русский».
В библиотеке Московской духовной академии до сих пор хранятся диссертации ее выпускников XVIII века, написанные на латыни. Надо отметить, что и архиереи того времени, в особенности выпускники Киевской академии, лучше изъяснялись на латыни, чем на русском. Красноречивым подтверждением сказанному служит адресованное членам Святейшего Синода письмо митрополита Стефана Яворского, в котором он рекомендует Феофана Прокоповича на Киевскую кафедру: «…Ex vi officii mei молю вы, пречестнейшия синодальныя лица, в избрании на престол киевский прилежное имети рассмотрение, publicum spectando bonum, отложше всякия привати… Мое вотум от чистаго сердца et ex amore publici boni на преосвященнаго Феофана, архиепископа Псковскаго. Той, omnibus spectatis circumstantiis et ejus dotibus, вельми угоден есть».