Своими непродуманными действиями и некоторыми отрицательными личными качествами епископ Андрей вызвал недовольство стамбульских болгар, и 29 июля 1944 г. они даже написали жалобу председателю Священного Синода митрополиту Неофиту с просьбой отозвать владыку в Болгарию. В письме утверждалось, что епископ, вопреки совету консула не посещать дома прихожан, побывал во многих видных болгарских семьях, что стало причиной интернирования 10 глав семейств в Малую Азию и помещения их там в концлагерь до конца войны. Кроме того, епископ Андрей, заявляя: «Епархиат – это я», без причины уволил ряд членов приходских органов управления, вопреки уставу рукоположил во диакона неграмотного Кирилла Иванова, в ноябре 1943 г. «заставил» подать в отставку и уйти на пенсию настоятеля храма-памятника св. Стефана любимого прихожанами священника К. Белчева и т. д. Правда, в ответ на запрос митрополита Неофита владыка Андрей в оправдательном письме от 3 октября 1944 г. отверг все обвинения в свой адрес[147]
.На место о. К. Белчева прихожане хотели священника русской посольской церкви свт. Николая в Софии Витана Кечева, который ранее три года служил диаконом при экзаршем наместничестве в Стамбуле и, согласно его заявлению в Министерство иностранных и религиозных дел от 27 декабря 1943 г., «хорошо знал, в какие тяжелые условия поставлены там болгары». Однако по просьбе еп. Андрея настоятелем церкви св. Стефана Синод 17 марта 1944 г. назначил священника храма св. кн. Александра Невского в Софии Романа Петрова (25 апреля он прибыл в Стамбул). 14 июня 1944 г. митрополит Неофит также разрешил епископу рукоположить во диакона выпускника Софийской семинарии Благоя Чифлянова (4 августа он был назначен писарем при экзаршем наместничестве)[148]
.В это время у владыки Андрея возникли проблемы с турецкими властями. Болгарский посол в Турции в телеграмме от 23 февраля и письме от 6 марта 1944 г. высказал министру иностранных и религиозных дел Шишманову опасения, что епископ не может руководить наместничеством, так как он не имеет турецкого гражданства. По требованию властей страны экзархия избрала управителем экзаршего имущества турецкого подданного аптекаря Бориса Кирова, который приступил к работе, но вскоре по неизвестным причинам был арестован и интернирован. 27 марта и епископ Андрей сообщил Священному Синоду о возможных притязаниях турецких властей на экзаршее имущество и попросил оказать воздействие на них через болгарское правительство. В связи с арестом Б. Кирова Синод 30 марта решил представить на утверждение турецких органов власти другую кандидатуру управителя экзаршего имущества[149]
.Через несколько месяцев ситуация в данном вопросе временно нормализовалась, однако у епископа Андрея начался острый конфликт с обоими болгарскими священниками в Стамбуле: Романом Петровым и Борисом Астарджиевым (последний до 1941 г. служил настоятелем церкви св. Георгия в Эдирне). В связи с этим конфликтом владыка даже устроил в экзаршей часовне новый приходской храм, настоятелем которого стал он сам. 12 августа 1944 г. епископ отправил в Синод телеграмму с просьбой об увольнении и отзыве указанных священников в Болгарию. Правда, 11 сентября Министерство иностранных и религиозных дел написало Синоду, что сейчас, во время острой политической ситуации, неуместно менять священников (9 сентября в Болгарии произошел государственный переворот, в результате которого к власти пришло правительство Отечественного фронта), и к тому же турецкие власти не разрешат назначить новых иереев в Стамбул. 28 сентября Синод ответил министерству согласием, но 1 ноября 1944 г. все же был вынужден уволить о. Б. Астарджиева[150]
.На место о. Бориса Синод решил назначить священника Крума Иванова, однако ему отказали в турецкой визе. В этих условиях отцы Роман и Борис продолжали исполнять пастырские обязанности, пока 25 мая 1945 г. о. Б. Астарджиева не арестовала турецкая полиция. Ему предъявили политические обвинения и после нескольких месяцев заключения, к началу августа, выслали из Болгарии. Настоятелем же храма-памятника св. Стефана Священный Синод 1 февраля 1945 г. назначил имевшего турецкое подданство протоиерея Иоакима Мустрева. Следует упомянуть также, что в октябре 1944 г. по ходатайству епископа Андрея в приют Русенского православного братства (в Болгарии) были приняты двое сирот из Стамбула, так как там не имелось болгарского приюта[151]
.