Неспокойная ситуация на территории Османской империи (восстания, репрессии против славянского населения) побуждала многих православных священнослужителей переселяться в Болгарию, оставляя своих пасомых без духовного руководства. Возмущенный этим, экзарх Иосиф I 10 февраля 1912 г. издал окружное послание, запрещавшее митрополитам и управляющим епархиями разрешать подчиненным им священникам покидать свои приходы и переселяться на территорию Болгарии. Сам экзарх, несмотря на возможность переехать в Софию, несколько десятилетий оставался в Константинополе.
При этом светские власти Болгарии постоянно стремились вытеснить Православную Церковь на периферию общественной жизни. Так, в 18801881 гг. министр иностранных дел и исповеданий Д. Цанков, не поставив в известность Священный Синод, попытался ввести «Временные правила» духовного управления христианами, мусульманами и евреями, что было расценено архиереями во главе с экзархом Иосифом I как вмешательство светской власти в дела Церкви. Иосиф I был вынужден приехать в Софию, где оставался с 18 мая 1881 до 5 сентября 1882 г. В результате 4 февраля 1883 г. вступил в силу «Устав экзархата, приспособленный для княжества», выработанный на основе устава 1871 г. В 1890 и 1891 гг. в него были внесены дополнения, а 13 января 1895 г. был утвержден новый устав, дополненный в 1897 и 1900 гг. Согласно этим законам, Церковью в Болгарском княжестве управлял Священный Синод, состоящий из всех митрополитов (на практике постоянно заседали только четыре архиерея, избиравшиеся на четыре года). Экзарх Иосиф I управлял Церковью в княжестве через своего наместника («делегата») в Софии, который должен был избираться митрополитами княжества с одобрения экзарха. Первым наместником экзарха стал митрополит Доростоло-Червенский Григорий, за которым последовали митрополиты Варненско-Преславский Симеон, Тырновский Климент, Доростоло-Червенский Григорий (повторно), Самоковский Досифей и Доростоло-Червенский Василий. До 1894 г. постоянные заседания Синода не проводились, затем он функционировал регулярно, рассматривая все текущие вопросы, касавшиеся управления Церковью в свободной Болгарии.
Во время правления князя Александра I Баттенберга (1879–1886) органы государственной власти редко вступали в конфликты с Болгарской Церковью. Ситуация изменилась в правление (1887–1918) князя, с 1908 г. царя, Фердинанда I Кобургского, католика по вероисповеданию. Наместник экзарха митрополит Тырновский Климент по указанию премьер-министра
С. Стамболова был объявлен проводником крайнего русофильства и в декабре 1887 г. выслан из столицы. Острый конфликт разгорелся в 1888–1889 гг. по вопросу о поминовении за богослужением имени князя как болгарского государя, причем оказались разорваны отношения между правительством и Синодом, а митрополиты Врачанский Кирилл и Тырновский Климент в 1889 г. были привлечены к судебной ответственности. Только в июне 1890 г. архиереи приняли предложенную правительством формулу поминовения Фердинанда I.
В 1892 г. в связи с браком князя правительство предприняло попытку, проигнорировав Синод, изменить 38-ю статью Тырновской конституции таким образом, чтобы и преемник Фердинанда I мог быть неправославным. В ответ печатный орган экзархата газета «Новини» начала публикацию статей с критикой болгарских светских властей. В ответ правительство С. Стамболова приостановило выделение субсидий на церковные нужды и пригрозило отделением Церкви княжества Болгария от экзархата. Великий визир Османской империи встал на сторону болгарского правительства, и экзарх, поставленный в безвыходное положение, был вынужден прекратить газетную кампанию. Впрочем, вскоре Фердинад I, решивший нормализовать отношения с Россией, приказал освободить Тырновского митрополита Климента и объявил о своем согласии на переход наследника престола князя Бориса (будущего царя Бориса III) в православие. 2 февраля 1896 г. в Софии в кафедральном храме Святой Недели экзарх Иосиф I совершил таинство Миропомазания наследника[434]
.5 октября 1908 г. в г. Велико-Тырново (столице Второго Болгарского царства) в церкви Святых Сорока Мучеников состоялось провозглашение независимости Болгарии, при этом страна была объявлена царством, а Фердинанд I – «царем болгар». Тырновский митрополит Климент (Друмев) торжественно короновал его царской короной[435]
.