Двадцать второго июня 1941 года началась Великая Отечественная война, а уже в августе немецкие войска начали наступление в районе станции Вырица. Местные жители в панике просили совета старца Серафима — как им быть и что делать. Почти всем старец давал одинаковый ответ — ничего не боясь, положиться на Бога и оставаться в Вырице. Лишь некоторым он посоветовал покинуть поселок — их дома во время оккупации были разрушены. Сам же о. Серафим в эти тяжелые дни молился обо всех: об оставшихся в Ленинграде духовных чадах, которым предстояла страшная блокада, о местных жителях, остающихся на оккупированной территории, об ушедших на фронт и уехавших в эвакуацию. Он молился о спасении России и о сохранении вырицких храмов.
После того, как немецкие войска заняли Вырицу, там были расквартированы вспомогательные части, состоявшие из румын, поскольку Румыния в годы Второй мировой войны была союзницей фашистской Германии. Однако румыны также, как и русские, исповедуют Православие. Румынские солдаты вместе с местными жителями хлопотали об открытии вырицких храмов. Вскоре при участии Псковской миссии были открыты оба вырицких храма — святых апостолов Петра и Павла и Казанской иконы Божией Матери, прихожанином которого считал себя о. Серафим.
Несмотря на открытие храмов, старец Серафим по-прежнему оставался средоточием духовной жизни Вырицы. К нему обращались за советом и помощью. Многие спрашивали его, как и когда окончится война. Отец Серафим предсказывал победу советской армии. Кто-то донес о пророчествах старца немецким офицерам, командовавшим румынскими частями. В результате, к о. Серафиму, заподозренному в просоветской пропаганде, нагрянула немецкая команда. Офицер, поначалу посчитавший старца диким мракобесом, был удивлен, когда о. Серафим обратился к нему на хорошем немецком языке. На недоуменные вопросы немца старец рассказал, что в миру был купцом, по торговым делам часто посещавшим Германию и Австрию. Тогда офицер задал о. Серафиму прямой вопрос о результате войны. Старец, как и в разговорах с жителями Вырицы, твердо заявил, что немецкую армию ждет поражение, а сам вопрошавший его офицер погибнет под Варшавой. Казалось бы, все должно было кончиться неминуемой расправой, но, как и в случае с чекистами, немецкий офицер понял, что устами русского старца ему говорит Бог. После этого оккупанты более не тревожили о. Серафима.
Во время оккупации старец старался принять всех приходивших к нему, хотя в отличие от довоенного времени к нему приходили не только верующие, но и атеисты. Беспокоясь о судьбе ушедших на фронт родственников, они обращались к о. Серафиму, как к гадалке, подчас не скрывая своего неверия. Но старец принимал и их. Он рассказывал им о Боге. После визита к старцу многие атеисты уверовали в Бога и свидетельствовали о Его милосердии по молитвам старца.
В январе 1944 года Вырица была освобождена советской армией. Несколько месяцев спустя — уже после полного снятия блокады Ленинграда — вырицкого подвижника посетил митрополит Ленинградский, Алексий (Симанский). За несколько часов до этого старец сказал своим домашним: «Сейчас к нам приедет митрополит» [1, с. 38], но они не обратили на слова старца внимания, считая, что это невозможно. Однако, несколько часов спустя, действительно в Вырицу к старцу Серафиму приехал митрополит Алексий. Бо́льшую часть времени, проведенного митрополитом в Вырице, они с о. Серафимом проговорили наедине. Известно лишь, что во время этой встречи старец еще раз предсказал митрополиту Алексию патриаршество. Не прошло и года, как предсказание старца Серафима сбылось.
В Вырице: после войны
1945 год — заканчивалась война; пережив тяжелые испытания, люди нуждались в духовной помощи не менее, чем в помощи житейской — старец Серафим не отказывал никому. Сам старец и его семья в это время узнали о постигшей их утрате — еще в январе 1941 года в заключении погиб сын о. Серафима Николай. Но из-за оккупации эта весть дошла до семьи гораздо позднее — уже после войны.
Между тем время пребывания старца Серафима на земле сокращалось. Когда в 1945 году отошла ко Господу матушка Серафима (в миру Ольга Муравьева), старец, прощаясь с ней, сказал: «Там, моя дорогая, незабвенная матушка, будем вместе» [4, с. 16].