Заветы Ильича не достигли сырых подвалов, где следователи в поте лица шили уголовное дело. На четвертый день Каплан-Ройдман, 1887 года рождения, член партии эсеров, была приговорена к расстрелу. Третьего сентября 1918 года ее расстрелял комендант Кремля Павел Мальков. Один из латышских стрелков вспоминал: «Я видел, как это было. Идет Павлик с пистолетом, рядом женщина молодая. Черные волосы, красивая, глаза немного выпуклые. Что-то говорила, но не умоляла, нет… Я думаю, она знала, куда он ее ведет. Мальков загнал ее в ворота, такие неживые, немые ворота были, они только с одной стороны выглядели как ворота. Специального места для расстрела в Кремле не было. Он выстрелил раза два… Я думаю, Мальков расстрелял ее сам, без суда, а документы потом оформили. Он ее должен был, наверное, отвезти куда-то, а вместо этого расстрелял».
В тот же день пришла директива от Свердлова, который, не объясняя причин, потребовал более активного уничтожения Каплан. Труп уложили в бочку, облили бензином и подожгли. Спустя час прах вывезли в неизвестном направлении. Все эти процедуры держались в глубокой тайне. Именно поэтому долго гуляли слухи, что вместо Фанни Каплан расстреляли другую женщину. А саму террористку якобы выслали в глухую сибирскую деревушку, где она доживала свои последние дни и каялась в содеянном.
Когда приговор привели в исполнение, чекисты вышли на ту женщину, которая стояла в момент покушения рядом с ней. Это была кастелянша из Петропавловской больницы. Не больше, но и не меньше. Кастеляншу арестовали прямо в больнице и под усиленным конвоем доставили на Лубянку, где продержали четверо суток. На пятые женщину отпустили.
Выдержки из допроса народного комиссара юстиции Курского, 30 августа 1918 года:
«Фанни Каплан родилась в Волынской губернии в семье сельского учителя Хаима Ройдмана. Под фамилией Ройдман она жила до 16 лет. Когда ее родители выехали в США, Фанни умышленно запутала свои метрические данные, и теперь является весьма затруднительным определение ее настоящей фамилии. Варианты: Ройдман, Ройтблат, Капелан, Каплан. Поэтому в дальнейших процессуальных документах подследственная будет фигурировать как Фанни Ефимовна Каплан. Подследственная заявила, что она перед террористическим актом получила паспорт от некой Каплан, которая проходила по делу Минского губернского жандармского управления в 1907 года…»
Следственная биография Фанни Каплан складывалась в основном из ее собственных признаний. Девушка рано потеряла родителей и закончила курсы белошвейки-модистки. В двадцатилетнем возрасте она увлеклась революционными идеями и примкнула к анархистам. Поначалу ее использовали в роли курьера: Фанни переправляла бомбы и крамольные издания. В 1906 году в Киеве ее арестовала царская охранка. За сутки до Нового года Каплан приговорили к бессрочной каторге и отправили в Мальцевскую тюрьму. В камере узница объявила голодовку и была отправлена в карцер. От карцерного содержания она начала быстро терять зрение и спустя три недели легла в тюремный госпиталь. В 1913 году вышел царский манифест, который сократил ой срок до двадцати лет. Через четыре года Александр Керенский одним приказом от 3 марта помиловал Григория Котовского, Фанни Каплан и прочих воинствующих граждан. В числе счастливиц оказались и некоторые сокамерницы Фанни — Измаилович, Биценко, Терентьева, Спиридонова. Все они вместе с Каплан переезжают в Москву и обретают там временное жилье, которое ныне известно как «дом Булгакова».
Больная и разбитая Каплан выхлопотала от временного правительства бесплатную путевку в евпаторийский Дом каторжан. Там анархистка расцвела душой и формами настолько, что бывшие каторжане, еще вчера передвигавшие члены не без посторонней помощи, вдруг оживились и даже начали пропускать обязательные процедуры. Фанни никогда не симпатизировала пуританским настроениям. Более того, она вдруг заинтересовалась небезызвестной теорией Коллонтай под образным названием «Стакан воды». Злые языки твердят, что Каплан жаждой в Доме каторжан особо не страдала. Эти же языки описывали пикантные сцены, когда революционная женщина нагло уединялась с военврачом Димой Ульяновым, который любил спускаться в винные погребки и который являлся никем иным, как младшим братом Владимира Ульянова.