Пороховой взрыв крюйт-камеры «Пластуна» произошел в 5 часов 08 минут пополудни 18 августа во время следования под парусами. После взрыва клипер продержался на воде не более трех минут и пошел ко дну. При взрыве погибли командир клипера барон Дистерло, старший офицер лейтенант Розенберг, лейтенант Гаврилов, мичман Леман, прапорщики корпуса флотских штурманов Евдокимов и Кочетов, вольный механик Гельм и 68 нижних чинов. Для оказания помощи погибавшим немедленно были спущены три катера, вельбот и шлюпка-четверка, которыми были спасены лейтенант Литке, мичманы Кноринг и Березин, младший врач Иогансон и 30 человек матросов. Пятеро спасенных матросов имели серьезные ожоги и ранения, вследствие чего один из них вскоре умер.
Исходя из указания великого князя Константина вице-адмирал Панфилов первым делом допросил командира отряда капитана 1-го ранга Попова. Этих моряков связывала недавняя общая служба в осажденном Севастополе, где Панфилов командовал отрядом пароходо-фрегатов, а Попов командовал пароходо-фрегатом в его отряде. Неоднократно оба участвовали в боевых действиях против англо-французского флота, бомбардировках неприятельских позиций. Кроме того, их связывали и личные дружеские отношения. Однако дознание вице-адмирал Панфилов провел по всей форме.
В своих ответах на задаваемые председателем комиссии вопросы командир отряда кораблей показал следующее.
В Шербуре он осмотрел клипер и нашел его в состоянии «способном удовлетворить самое взыскательное самолюбие». После осмотра приказал лейтенанту Дистерло передать на корветы большую часть пороха, который там был на исходе. После этого на клипере осталось лишь шесть пудов пороха. Во время стоянки в Копенгагене Попов произвел «Пластуну» артиллерийский смотр, пригласив на него для учебы всех офицеров с обоих корветов. Этот двухчасовой смотр также показал хорошее содержание материальной части на «Пластуне» и высокую обученность команды. Однако были сделаны и замечания. В крюйт-камере отсутствовали пампуши – специальная мягкая обувь, которую положено надевать во избежание случайного искрообразования. В углу крюйт-камеры была обнаружена связка боевых гранат, которые должны были храниться в специальных ящиках далеко от пороха. Кроме этого на полу в крюйт-камере была обнаружена пороховая пыль. Пампуши Попов велел пошить, гранаты убрать, а пол в крюйт-камере вымыть. Характеризуя командира «Пластуна» лейтенанта Дистерло, Попов заявил: «Я никогда не желал бы иметь лучшего товарища!» Впрочем, все понимали, что ничего другого сказать о погибшем командире клипера он в данной ситуации просто не мог.
Оставшийся в живых лейтенант Литке показал, что он сменил барона Кноринга в четыре часа утра, менее чем за десять минут до взрыва. По заступлении он получил доклад, что старший офицер находится в крюйт-камере и наблюдает за проводимыми там работами.
Артиллерийский кондуктор Федоров, которого тоже удалось спасти, рассказал, что он участвовал вместе с другими матросами в переноске ящиков с гранатами из крюйт-камеры в кают-компанию. Окончив носить, он пошел спросить, не нужно ли еще чего-нибудь перенести, и на входе в крюйт-камеру встретил кондуктора Савельева. Тот сказал, что больше ничего переносить не нужно и что сам он идет доложить ревизору о наведенном в крюйт-камере порядке. Едва Федоров спустился в машинное отделение, как раздался взрыв. Поэтому Федоров полагает, что в момент взрыва в крюйт-камере мог находиться только один Савельев.
По показаниям нескольких матросов, незадолго до взрыва лейтенант Дистерло спросил старшего офицера, закончена ли работа в крюйт-камере. И когда тот ответил отрицательно, мрачно заметил: «Пора бы кончить!» После чего старший офицер спустился вниз, и почти сразу последовал взрыв. Однако другие утверждали, что старший офицер лейтенант Розенберг к этому времени находился уже на шканцах с командиром. Единства в этих показаниях не было. В одном, однако, и офицеры, и матросы были единодушны: в течение всего кругосветного плавания в крюйт-камере поддерживался должный порядок и никто не нарушал правил пребывания в ней.
Внезапно внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить фанаты в крюйт-камеру, а Савельев воспротивился этому и сказал, что там хранить боеприпасы не положено. На что Дистерло, топнув ногой, крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так Дистерло вел себя всегда, когда выслушивал доклады матросов.
В ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера было получено дополнительно четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и некоторые другие матросы из числа спасенных.