После освобождения из лагеря 3 сентября 1941 года вступил в ряды формировавшихся в на территории СССР Польских вооруженных сил (будущей армии Андерса). В начале 1942 года был назначен полномочным представителем генерала Владислава Андерса по вопросам поиска польских военнопленных в советских лагерях. Объехав несколько городов, посетив Управление ГУЛАГа и Лубянку, представил доклад о пропавших без вести в СССР польских военнопленных. (Их судьба до 1943 года оставалась неизвестной.) В должности начальника Отдела пропаганды и информации вместе с армией Андерса проделал путь через Ирак, Палестину, Сирию, Ливан и Египет в Италию. Как солдат армии Андерса, переживший советские лагеря и винивший Сталина и Берию в Катынском преступлении, после войны Чапский не мог вернуться в коммунистическую Польшу.
В 1946 году в Риме при поддержке военного фонда было создано издательство «Литературный институт». В июне 1947 года оно выпустило первый номер журнала «Культура». Идея создания журнала принадлежала Густаву Герлингу-Грудзиньскому, а главным редактором стал Ежи Гедройц. Вместе с сестрой Марией и редакцией «Культуры» (Ежи Гедройцем, Зофьей и Зигмунтом Герц) Чапский поселился в штаб-квартире «Литературного института» в Мезон-Лаффите под Парижем. С этого времени и до 1957 года Чапский полностью посвятил себя работе над журналом и издательством. Только в 1949 году он впервые после войны показал свои работы на выставке в Париже, которую организовал для него Даниэль Галеви, лучший друг Эдгара Дега. В 1950 году Чапский путешествовал по Северной Америке. В Нью-Йорке прочел цикл лекций о Катынском преступлении, собирал средства на издание «Культуры». В Берлине по приглашению Джеймса Бернхэма вместе с Ежи Гедройцем принял участие в учредительной конференции Конгресса за свободу культуры. В 1952 году давал показания перед комиссией Мэддена по делу о польских военнопленных, содержавшихся в советских лагерях. В 1954 году благодаря поддержке, в частности, маркиза Жиля де Буажелена, его жены Иоланты, урожденной Ванькович, и других французских аристократов и дипломатов «Литературный институт» приобрел дом на улице Пуасси, 91, на границе Мезон-Лаффита и Ле Мениль-ле-Руа. В нем разместились редакция «Культуры» и «Литературный институт», а также квартира Юзефа Чапского, его сестры Марии, Ежи Гедройца и его брата Хенрика, Зофьи и Зигмунта Герц. Сегодня там находится архив «Литературного института». В 1955 году Чапский путешествовал по Южной Америке — Бразилии, Уругваю, Аргентине, Венесуэле. Встретился с писателем Витольдом Гомбровичем, со своим братом Станиславом и его семьей. В 1970 году благодаря Жанне Эрш он познакомился с молодой студенткой Мюриэль Ганнебен, которая увлеклась его живописью и начала работу над монографией о его творчестве (
В 1975 году Главное управление надзора над прессой, публикациями и зрелищами опубликовало список авторов, запрещенных в коммунистической Польской Народной Республике. В него вошли также Юзеф Чапский и Мария Чапская. В 1975 году автор «На бесчеловечной земле» познакомился с Рихардом Эшлиманном, который был так впечатлен его картинами, что начал выплачивать ему стипендию и стал его персональным арт-дилером. Полотна Чапского выставлялись на продажу и входили в коллекции в Швейцарии. В 1981 году умерла Мария Чапская. В 1985 году Чапский был приглашен к участию в Парижской биеннале (Biennale de Paris, Grande Halle de La Villette).
12 января 1993 года Юзеф Чапский скончался в своей комнате в доме «Литературного института» и был похоронен на местном кладбище. К столетию со дня его рождения ЮНЕСКО объявило 1996 год Годом Юзефа Чапского.
В 2016 году в Кракове открылся «Павильон Юзефа Чапского» — филиал Национального музея, где реконструирована комната художника и представлены его работы. Во дворце Попелей в Курозвенках находится постоянная экспозиция картин Юзефа Чапского.
Про/чтение
1. Пути
О Норвиде