Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир

Регуляторные инструменты не ограничиваются созданием генетической памяти и осцилляторов, они способны выстраивать бесчисленное множество вариантов межгенных взаимодействий. Представьте абстрактное трио генов A-B-C, в котором и A, и B кодируют активаторы гена C. Если не синтезируется ни один из активаторов, экспрессия С будет слабой. Она резко возрастет, если появятся индукторы экспрессии A или B. Можно сконструировать набор генов, который активирует C только при индукции экспрессии A и B либо А, но не

B и так далее. (Мы даже встречали пример последней конфигурации – у бактерий, экспрессирующих lacZ, когда поглощают лактозу, но не глюкозу.)

Устройство, способное производить логические вычисления на основе входящих сигналов – принимать решения, обрабатывая операторы типа «и», «или», «не» и их комбинации, – это компьютер. Привычные нам компьютеры ориентируются на электрическое напряжение – есть оно или нет, высокое оно или низкое, – а не на биохимические факторы транскрипции, но концептуально эти типы вычислительных машин не различаются. Более того, они работают на основе общих принципов. Подходящая комбинация логических элементов – хоть электрических сигналов, хоть генов – позволяет выполнять любые вычислительные операции, будь то сжатие цифрового видеофайла или оценка условий для прорастания семени.

Логика и память позволяют природе строить всевозможные генетические схемы для решения всевозможных задач. Следовательно, гены способны определять гораздо более сложную деятельность, чем можно предполагать, исходя из простого их подсчета.

Гены на чердаке

Еще один способ контролировать экспрессию генов основан на уже знакомом нам феномене – упаковке ДНК. Как мы узнали, от расположения гена относительно нуклеосом зависит, насколько сложно РНК-полимеразе его считывать. В последние десятилетия мы сумели оценить по достоинству всю мощь генетической регуляции, связанной с упаковкой ДНК. Инструменты модификации белков присоединяют к гистонам определенные наборы атомов или, наоборот, удаляют их, оказывая влияние на способность гистонов формировать с ДНК плотные волокна. Модификация гистонов особенно важна на ранних стадиях развития зародыша, когда потомки нескольких клеток навсегда обретают уникальную клеточную идентичность, а также в канцерогенезе, когда клетки переходят к стремительному делению и миграции¹¹

. Гены, невостребованные тем или иным типом клеток, остаются плотно упакованными, будто заваленными на чердаке: они никуда не пропадают, но доступ к ним затруднен.

Клетки также могут контролировать доступность генома для прочтения, химически изменяя саму ДНК. Так, особые ферменты способны заменять атом водорода в нуклеотидах A и Ц на атом углерода с тремя атомами водорода, то есть на метильную группу. Метилирование нуклеотидов в составе гена может подавлять его экспрессию. Эта крошечная метка на ДНК способна застопоривать транскрипционную машину и привлекать белки – модификаторы гистонов.

Как ни удивительно, эти элементы генетической регуляции – упаковка и метилирование ДНК, – похоже, могут передаваться от родителей детям. Очевидно, мы наследуем не только характерную последовательность «букв» генома, но и некоторые элементы его организации, влияющие на интерпретацию генетической информации. Этот феномен, называемый эпигенетикой¹²

, придает дополнительный уровень сложности связям между нашей генетической компонентой, окружающей средой и работой нашего организма. Например, у голландцев, переживших «голодную зиму» 1944–1945 годов, в дальнейшем фиксировали повышенную предрасположенность к ожирению и сердечно-сосудистым заболеваниям, при этом десятилетиями у них сохранялась измененной картина метилирования ДНК. Более того, подобные маркеры проблем со здоровьем находили и у их детей, родившихся гораздо позже голодных времен, что указывает на наследование эпигенетических модификаций генома¹³.

В завершение этой главы напомним себе, что аппарат генетической регуляции превращает любой организм в мощный многозадачный компьютер, способный принимать решения на базе разнородных стимулов из окружающей среды и выстраивать поведение, изменяющееся во времени и пространстве. Вся эта сложность, однако, не нуждается в центральном управлении или обдумывании, а проистекает из самой природы генетического материала, заключающего в себе как гены, так и средства их регуляции. И снова мы наблюдаем самосборку в действии: механизмы конструируют сами себя. Изящество генетических схем и предсказуемость в принятии решений, однако, сосуществуют со случайностью, пронизывающей весь микроскопический уровень организации. Прежде чем в шестой главе мы оценим ее значимость, познакомимся еще с одним важным клеточным компонентом – мембранами: их архитектура служит великолепным примером самосборки, независимой от белков и ДНК.

Глава 5. Мембраны: жидкая кожа