Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир

Так получилось устройство, воссоздающее не только структуру, но и динамику легких – способное растягиваться и сжиматься, если нам хочется, в том же ритме, что и при естественном дыхании. Камеры, мембраны, клапаны – все это создано методами микропроизводства, способными покрывать чип мозаикой псевдолегких, и все можно увидеть в микроскоп. Ингбер с коллегами показал, что поглощение взвешенных в воздухе частиц через клеточную стенку – важная проблема и при загрязнении воздуха, и при доставке лекарств – усиливается периодической механической пульсацией клеточных мембран.

В последующие годы на чипе научились создавать сердца, почки, желудки, кожу и многое другое и даже нашли способ связывать воедино разные органы – конструировать названные слишком громко, но все равно впечатляющие «тела на чипе»¹⁵. Клеточные культуры в таких системах по большей части двумерны, и нам еще только предстоит объединить трехмерную самосборку органоидов из стволовых клеток с флюидикой и механическими каркасами органов на чипе.

Полуискусственные конструкции выращиваемых в лаборатории стволовых клеток, органоидов и органов на чипе позволяют нам изучить восхитительные феномены многоклеточной организации. Пока, однако, мы рассматривали клетки тела, принадлежащие одному биологическому виду. В следующей главе мы увидим, что на самом деле все устроено гораздо сложнее: в нас ведь обитает множество микробов.

Глава 9. Экосистема внутри вас

Скорее всего, вы считаете себя человеком. Ваше тело состоит из нескольких триллионов человеческих клеток, в каждой из которых содержится геном человека, и это подкрепляет ваше представление о собственной видовой идентичности. Но в вашем теле обитают, помимо вирусов, триллионы микроорганизмов – главным образом бактерий, а также архей и микроскопических эукариот; их так много, что, устрой вы всеобщее голосование, ваши человеческие клетки, вероятно, оказались бы в меньшинстве¹. Микробы населяют ваши рот, кожу и все теплые и влажные поверхности, которые вы только можете себе представить, но больше всего их в вашем кишечнике. Люди в этом не уникальны. В организмах всех животных обитает огромное число разнообразных кишечных микробов, и без этих компаньонов нам было бы очень сложно выжить. Микробные партнеры есть и у растений – их особенно много в зоне корней.

О существовании сообществ, которые часто называют кишечной микробиотой

или кишечным микробиомом, мы знаем уже больше века. Однако наш интерес к ним резко возрос лишь в последние 20 лет, когда с технологической революцией в сфере секвенирования ДНК пришло понимание их важности. Прежде изучение бактерий редко могло обойтись без их выращивания в лабораторной культуре. Но, к несчастью, бактерии в большинстве своем упрямо отказываются сотрудничать и сейчас. Одни – нормальные обитатели человеческого кишечника, например, – погибают из-за избытка кислорода во внешней среде. Другие выживают лишь в особо кислых или щелочных условиях. Третьим требуются экзотические питательные вещества, скажем, производимые другими микробами. Выполнить эти условия возможно, но зачастую крайне проблематично, причем универсального решения для всех членов интересующего сообщества может и не быть. Именно поэтому, давно обнаружив кишечных микробов, мы до последнего времени знали о них так мало.

Все изменило секвенирование ДНК. Механику процесса мы разберем в третьей части книги, пока же нам достаточно вспомнить из первой главы, что мы можем создать множественные копии любой ДНК. Поместив их в аппарат, читающий геном, мы получим на выходе последовательность нуклеотидов A, Ц, Г и T, из которых состоят фрагменты ДНК. Эта техника применима к ДНК из любых источников, потому она радикально изменила наши представления об экологическом разнообразии. В прорывном исследовании 2004 года группа Крейга Вентера, одного из изобретателей современной технологии секвенирования ДНК, исследовала генетический состав микробиоты Саргассова моря². Превратив содержимое нескольких сотен литров воды в однородную массу, очистив и амплифицировав ее ДНК (как в первой главе), биологи обнаружили миллион прежде неизвестных генов сотен новых бактерий. Теперь мы с помощью секвенирования изучили множество сред, от почв до станций метро и от кончика языка до фекалий. (Геномы фекальных образцов – это, по сути, моментальные снимки, хотя и косвенные, микробного населения кишечника.)