Шаги в этом направлении в первой половине XVII века предпринял незабвенный Патриарх Филарет, но реальную перестройку русского православия в 50-60-х годах XVII века осуществил Патриарх Никон, обретший этот сан под непосредственным влиянием Царя Алексея (имевший жену польку, оказывавшей на него огромное влияние, ставший отцом Софьи и Петра I, бывший сыном первого царя из династии Романовых Михаила и внуком Филарета). Он устроил грандиозную реформу русской православной церкви. Изменения коснулись буквально всех церковных укладов. Это вызвало раскол среди верующих, переросший, как считает профессор А.В.Пыжиков, в более чем 200-летнюю гражданскую войну двух Россий. Получилось так, что начал эту реформу царь Алексей и Патриарх Никон, а продолжали ее все остальные цари и церковные иерархи фактически до 1917 года.
«Религиозный раскол, произошедший в российском обществе во второй половине XVII века – это надлом, разорвавший общественные ткани той эпохи, определил своеобразие нашего развития, а по большому счету, и историческую судьбу страны. За драматизмом тех событий видятся тенденции управленческой централизации, проводимой государством посредством создания жесткой вертикали власти» (А.Глинчикова. «Раскол или срыв «русской Реформации?», М., 2008, с.201).
Русская церковная «реформа» ХVII в. была следствием политических расчетов царя Алексея наследовать со временем престол византийских императоров, и Патриарха Никона, посвященного в этот план, рассчитывавшего, в случае успеха, стать вселенским Патриархом с кафедрой в Константинополе. Для этого и нужно было, прежде всего, по мнению инициаторов этого проекта, привести к единообразию русскую и греческую богослужебную практику, равняясь на греков, в этом вся суть «реформы». (Н.И.Кореневский. Церковные вопросы в Московском государстве в половине XVII в. и деятельность патриарха Никона.//Русская история в очерках и статьях под редакцией профессора М.В.Довнар-Запольского. Киев, 1912, т. III, с. 715–716).
Б.П.Кутузов – церковный историк и головщик (регент) Спасского собора Андроникова монастыря в Москве считал, что большая заинтересованность в реформе была и у Ватикана, который хотел, используя Россию как орудие против Турции, усилить влияние католичества на Востоке (Русские ВестиRSS «Как Ватикан возвращал русскую христианскую церковь под свой контроль или великая афёра патриарха Никона. 22.09.2015 | Религия).
Реализация Никонианской реформы в церковной деятельности, с точки зрения автора, осуществлялась, главным образом, в следующих двух направлениях: а) укрепление власти церкви и фактическое превращение ее в институт монархического государства; б) собственное обогащение.
Ни церковные прещения, ни заключения в темницы не прекратили раскола. Кроме того, старообрядцы вели непрерывную проповедь среди населения, исповедуя верность старому обряду и провозглашая ложность реформы. Они опирались на память об Александре Невском, Сергии Радонежском, Дмитрии Донском, Иване III, Иване Грозном, Гермогене, Дмитрии Пожарском, которые прожили свои жизни по старой вере.