Узнав о таких молитвах Аввакума, Пашков пришел в ярость. Когда же отряд Еремея не явился в установленный срок, воевода даже собирался подвергнуть протопопа жестоким пыткам. «Во един от дней, — вспоминал Аввакум, — учредил застенок и огнь росклал — хочет меня пытать. Я ко исходу душевному и молитвы проговорил; ведаю ево стряпанье, — после огня тово мало у него живут. А сам жду по себя и, сидя, жене плачющей и детям говорю: “воля Господня да будет! Аще живем, Господеви живем; аще умираем, Господеви умираем (Рим. 14, 8)”. А се и бегут по меня два палача».
Но воистину «чюдно дело Господне и неизреченны судьбы Владычня»! В это время из похода возвращается раненый Еремей. Оставив застенок, воевода бросился встречать сына. Тот рассказал, что поход закончился неудачей. 4 сентября, когда его отряд стоял на Ингоде, принятые Пашковым на службу казаки ночью украли у него и у служилых людей оружие и хлебные запасы и бежали. Изменники спустились на плотах вниз по рекам Ингоде и Шилке до Верхшилкского острога. Здесь они захватили казённые струги и пытались овладеть острогом, желая заполучить хранившиеся там порох и свинец. Большинство местных служилых людей находились в это время на рыбных промыслах. Однако оставшимся казакам во главе с пятидесятником А.Васильевым удалось отстоять крепость. Тогда изменники забрали струги и ушли по Шилке на Амур. Что касается отряда Еремея, то все посланные с ним люди погибли от «мунгальских людей», а сам он спасся только чудом: заблудившемуся в тайге воеводскому сыну явился во сне протопоп Аввакум и указал дорогу.
Воевода весьма огорчился из-за этой неудачи и был «яко пьяный с кручины». Однако всё случившееся нисколько не образумило его и не привело к искреннему покаянию. Когда Аввакум пришёл поклониться обоим Пашковым, старший «возвед очи свои на меня, — слово в слово что медведь морской белой, жива бы меня проглотил, да Господь не выдаст! — вздохня, говорит: “так-то ты делаешь? Людей тех погубил столько!” А Еремей мне говорит: “батюшко, поди, государь, домой! Молчи для Христа!” Я и пошел, ничево не говоря, — Христом запечатлел уста моя Еремей!».
«Десеть лет он меня мучил, или я ево — не знаю; Бог разберет в день века», — заканчивает свой рассказ о даурских мытарствах Аввакум.
«Велено ехать на Русь…»
Но настал конец и сибирским мучениям Аввакума, чему в немалой степени способствовали удаление Никона с патриаршего престола и хлопоты московских друзей опального протопопа.
16 февраля 1660 года в Золотой палате царского дворца открылся собор по «делу патриарха Никона». Царь обратился к собравшимся с речью о том, что церковь вдовствует уже год и семь месяцев. Обсуждение этого вопроса продолжалось до августа. Наконец 14 августа Епифанием Славинецким было составлено «Деяние» Московского собора. В нём определялось право царя совместно с собором Русской Церкви избрать и поставить нового патриарха по причине самовольного оставления Никоном патриаршего престола. Деяние подписали 16 архиереев, архимандритов, игуменов и протопопов, присутствовавших на соборе, в том числе три греческих архиерея с архимандритом Дионисием Святогорцем и полоцким архимандритом Игнатием Иевлевичем. Однако Никон пока ещё не был лишён патриаршего сана, и вопрос о новом патриархе оставался открытым.
12 мая 1662 года сын боярский Иларион Борисович Толбузин, назначенный нерчинским воеводой вместо А.Ф. Пашкова, принял от последнего в Иргенском остроге остатки его полка. Толбузин привёз с собою также царскую грамоту, в которой Аввакуму велено было «ехать на Русь». Новый воевода принял у Пашкова три острога — Нерчинский (Верхшилкский), Телембинский и Иргенский. Во всех трёх острогах находилось в общей сложности всего 75 служилых людей и практически полностью отсутствовали съестные припасы. «Без малого 400 человек, умерших от голода и погибших в боях, — такова была цена Даурской экспедиции, продолжавшейся более 6 лет» (Шашков).
25 мая бывший даурский воевода, погрузившись на дощаники вместе со своим семейством и многочисленной челядью, отправился в Москву. «Он поехал, а меня не взял, — вспоминал Аввакум, — умышлял во уме своем: “хотя-де один и поедет, и ево-де убьют иноземцы”. Он в дощениках со оружием и с людьми плыл, а слышал я, едучи, от иноземцов: дрожали и боялись».
И бояться действительно было чего. Плавание по забайкальским рекам с небольшой охраной было в те времена делом весьма опасным. Так, Онуфрий Степанов в 1654 году сообщал с Амура, что «государеву ясачную казну послать стало нельзя, потому земля вся сколыбалась, драки стоят частые, с малыми людми послать стало невозможно, но чтобы с государевою казною иноземцы какого дурна не учинили…». А в 1662 году, когда ехали Пашков и Аввакум, началось крупное восстание сибирских племён.