Сосредоточив в своих руках огромную власть, Никон стал грубо нарушать статьи уложения. В обширной патриаршей области он являлся полновластным распорядителем. Все его служащие, монастыри и крестьяне были изъяты из ведения Монастырского приказа. Вопреки уложению, воспрещавшему патриарху и вообще духовенству приобретать недвижимые имения посредством покупки, царь дозволил Никону покупать новые земли и вотчины как на его собственное имя, так и для трёх новых, основанных им монастырей — Нового Иерусалима (Воскресенский близ Москвы, основан в 1655 году), Иверского (близ Валдая, основан в 1652 году) и Крестного (близ Онеги, основан в 1656 году).
Павел Алеппский свидетельствует, что Никон «имеет большое влияние на царя, и потому, в то время как прежде было пожаловано от царя патриархии в угодье 10 000 крестьянских домов, Никон довёл их число до 25 000, ибо всякий раз, как умирает кто-либо из бояр, патриарх является к царю и выпрашивает себе часть крестьян и имений умершего. Он взял также себе во владение много озёр, кои приносят ему большой доход от соли и рыбы… Всякий раз как умирает боярин, не имеющий наследников, ему наследует патриарх… Патриарх Никон взял себе половину дохода монахов, так что его ежедневный доход составляет, как говорят, 20 000 рублей. Доход его с церквей этого города и окрестностей составляет 14 000 рублей в год; со всякой церкви (взимается) по числу её прихожан, с самой бедной — рубль. Также получает он ежегодный сбор со всех церквей и священников своей страны, который они вносят ему и своему архиерею. Доход монастыря Св. Троицы равен трети царского дохода, но патриарх Никон присвоил себе половину этого дохода, говоря: “Патриарх имеет на это больше права”. Он взял также большую часть царских сокровищ монастыря, как мы потом увидели: из них ни одного не было в патриаршей церкви, они даны в неё патриархом — облачения, обильно украшенные драгоценными каменьями и жемчугом, сосуды и пр.».