Понимая, что одной силой вопрос о законности церковных реформ не решить, царь усиленно стремился склонить на свою сторону Аввакума и его сторонников и приказал заранее привести их из ссылки в столицу. К началу собора в Москву привезли диакона Феодора Иванова, священника Лазаря, старца Ефрема Потёмкина, Григория Неронова, нескольких соловецких старцев, в том числе Герасима Фирсова, бывшего архимандрита Саввино-Сторожевского монастыря Никанора и других — всего 18 человек. Для переубеждения противников никоновских реформ проводились предварительные беседы-увещевания, которыми руководили крутицкий митрополит Павел и чудовский архимандрит Иоаким.
1 марта 1666 года в Москву привозят и Аввакума вместе со старшими сыновьями Иваном и Прокопием. Протопопица и младшие дети остались на Мезени дожидаться решения его участи. В первые же дни своего пребывания в столице Аввакум тайно встретился с боярыней Морозовой. «Аз же, приехав, отай с нею две нощи сидел, несытно говорили, како постражем за истинну, и аще и смерть приимем — друг друга не выдадим. Потом пришел я в церковь соборную и ста пред митрополитом Павликом, показуяся, яко самовольне на муку приидох. Феодосья же о мне моляшеся, да даст ми ся слово ко отверзению устом моим. Аз же за молитв ея пылко говорю, яко дивитися и ужасатися врагом Божиим и нашим наветникам».
После этого состоялись продолжительные прения Аввакума с крутицким митрополитом Павлом. «Он же меня у себя на дворе, привлачая к своей прелестной вере, томил всяко пять дней, и козновав и стязався со мною»,
— вспоминал Аввакум. Убедившись в бесполезности увещеваний, Павел велел 9 марта отправить непокорного протопопа под «начал» в Боровский Пафнутьев монастырь и посадить на цепь. В монастыре, который представлял собой самую настоящую крепость, окружённую каменной стеной с башнями, Аввакум пробыл девять с половиной недель, и в течение всего этого времени игумен «зело гораздо мучил» его, силою принуждая каждый день ходить в церковь к никонианской службе и говоря: «Приобщися нам!» Но Аввакум только смеялся такому «безумию»: «Оставили Бога и возлюбили диявола, поют в церквах бесовския песни, не стало у них что у римлян ни поста, ни поклонов, ни крестнаго знамения, и правую веру нашу християнскую изгубя, возлюбили латынскую веру».Продержав Аввакума «на чепи» десять недель в Пафнутьевом монастыре, его, наконец, 12 мая в срочном порядке привезли в столицу для соборного суда. «Свезли томнова человека, посадя на старую лошадь,
— вспоминал Аввакум, — пристав созади — побивай, да побивай; иное вверх ногами лошадь в грязи упадет, а я через голову; и днем одным перемчали девяносто верст, еле жив дотащился до Москвы».