Большой Московский собор 1666–1667 годов привёл к окончательному расколу в Русской Церкви и благословил развязанный светскими и духовными властями геноцид русского народа. Как писал историк А.С. Пругавин, «при самом появлении раскола власть захотела покончить с ним крутыми, суровыми мерами. И вот, кровь полилась рекой. Все первые вожаки и предводители раскола умерли на плахе, сгорели в срубах, исчахли в заточениях. Беспощадные пытки, бесчисленные, мучительные казни следуют длинным, беспрерывным рядом. Раскольников ссылали, заточали в тюрьмы, казематы и монастыри, пытали и жгли огнём, накрепко секли плетьми, нещадно ломали ребра, кидали в деревянные клетки и, завалив там соломой, сжигали, голых обливали холодной водой и замораживали, вешали, сажали на кол, четвертовали, выматывали жилы… Словом, всё, что только могло изобрести человеческое зверство для устрашений, паники и террора, всё было пущено в ход. Население, исповедовавшее правую веру, пришло в ужас»
.Чтобы заставить народ принять новую веру и новые книги, «разбойничий» собор благословлял подвергать ослушников соборных определений тягчайшим казням: заточать их в тюрьмы, ссылать, бить говяжьими жилами, отрезать уши, носы, вырезать языки, отсекать руки. В наказе собора духовенству говорилось: «Аще кто не послушает нас в едином чесом повелеваемых от нас или начнет прекословити и вы на таких возвещайте нам, и мы таковых накажем духовно, аще же и духовное наказание наше начнут презирати, мы таковым приложим и телесные озлобления»
. В оправдание гонений участники собора ссылались на Священное Писание, по-иезуитски перетолковывая его на свой лад: «Но зане же в Ветхом Завете бывшая сень, образ и прописание бяху в новой благодати содеваемых, убо и жезл сей видится нечто прообразование быти». Это беззаконное и противоречащее евангельскому духу любви постановление собора церковных иерархов легло в основу всех последующих репрессий как духовной, так и светской власти по отношению к старообрядцам. Церковный историк А.В. Карташев прямо называет вещи своими именами, отмечая, что именно в этот период «впервые в жизни Русской Церкви и государства применена была система и дух западной инквизиции». Появление «православной» инквизиции, созданной по образцу католической, явилось одним из наиболее «выдающихся» результатов церковной реформы XVII века. Впоследствии в книге «Пращица» «Святейший Синод», обосновывая необходимость создания инквизиции, будет прибегать к такому кощунственному разъяснению:«Если в ветхозаветной церкви непокорных “повелено убивати”, кольми паче в новой благодати непокоряющихся святей восточной и великороссийстей церкви подобает наказанию предавати, достойно бо и праведно есть: понеже тамо сень, зде же благодать; тамо образы, зде же истина, тамо агнец, зде же Христос». Эту идею разделяли ведущие архипастыри господствующей церкви. Так, местоблюститель патриаршего престола, митрополит Рязанский Стефан (Яворский) утверждал в начале XVIII века: «Сия же вся прилична суть еретиком: убо тех убивати достойно и праведно», и в своей книге «Камень веры» доказывал, что «Златоустый святый с прочими татей и разбойников толкует быти еретиков… Иного на еретика врачевания несть паче смерти».