Итак, против всех этих безобразий выступили боголюбцы. Это был новый тип религиозных деятелей, порождённый той исторической реальностью, в которой оказалась Россия в трагический период Смутного времени.
Возглавил московский кружок ревнителей церковного благочестия знаменитый благовещенский протопоп Стефан Внифантьев. Нам практически ничего не известно о его жизни и служении до 1645 года. Мы даже не знаем даты и места его рождения. Судя по всему, как и другие видные деятели боголюбческого движения, Стефан Внифантьев был выходцем из Нижегородской земли (в Макарьевом Желтоводском монастыре хранился синодик с записью его рода). По отзывам современников, «поп Стефан» был учёным и книжным человеком,
В 1645 году Стефан Внифантьев был поставлен в протопопы Благовещенского собора в Кремле, «что у государя на сенех», и в этом качестве присутствовал 28 сентября на венчании Алексея Михайловича на царство. Тогда же он стал духовником нового царя. Являясь организатором и руководителем кружка ревнителей благочестия, Стефан Внифантьев поддерживал отношения со многими боголюбцами — Иоанном Нероновым, Федором Ртищевым, Никоном, Аввакумом. По его инициативе переехал в Москву из Нижнего Новгорода Иоанн Неронов, он принимал у себя в доме и поддерживал Аввакума во время его приездов в Москву.