Другой причиной никоно-алексеевской реформы, а точнее, ещё одним звеном в «греческом проекте», явилось то, что после воссоединения Украины с Россией (1654) возникла необходимость в создании единой нормы богослужения и богослужебного языка (южнорусский, киевский извод славянского языка значительно отличался от московского извода). Прочность политического союза между Великой и Малой Русью должна была быть подкреплена церковно-обрядовым единством двух частей Русской Церкви, которые в ходе истории были разделены. Однако грекофильская ориентация царя и патриарха привела Русскую Церковь к принятию не московской нормы богослужения (наиболее близкой к ранневизантийской), а южнорусской, в большей степени соответствовавшей греческим текстам и традициям XVII века. Здесь следует напомнить, что на Украине реформа, аналогичная никоновской, была проведена на 50 лет ранее киевским митрополитом Петром Могилой и привела к тому, что киевское богословие и богослужение оказались сильно заражены католическим влиянием. О деятельности Петра Могилы хорошо написал известный русский богослов Г.Флоровский:
И вот здесь-το начинает смутно вырисовываться истинная подоплёка церковной реформы XVII века. Оказывается, тщательно разработанный сценарий никоно-алексеевских реформ, впрочем, как и некоторых прозападнических реформ будущих царей Феодора и Петра Алексеевичей, мы находим еще… в 1605 году! Прекрасно зная, кто такой был на самом деле Лжедмитрий II, польские иезуиты выработали подробнейшую инструкцию о том, как надлежит действовать очередному самозванцу, чтобы ввести в России унию с католиками, то есть, по сути, подчинить русских власти римского папы. Составляя этот документ, отцы-иезуиты прежде всего стремились доказать самозванцу, что он не имеет никаких прав на императорский титул, о котором как-то заикнулся Лжедмитрий I. Вместе с тем они дали ему ряд практических советов о введении унии — советов, поражающих, с одной стороны, своей беспринципностью и неприкрытым цинизмом, а с другой — их последующим практически дословным исполнением в ходе никоно-алексеевской реформы. Вот этот документ (с небольшими купюрами, цит. по: Славянская энциклопедия. XVII век: в 2 т. Т.1.А-М/Авт.-сост. В.В.Богуславский. М., 2004. С. 505-506):