Несомненно, престарелый патриарх Иосиф понимал, что мешает реформаторам и что они с нетерпением ждут, когда же он, наконец, освободит патриаршую кафедру для более сговорчивого кандидата или даже для явного сторонника новшеств. Предчувствуя скорую смерть, во время перенесения мощей патриарха Иова в Успенский собор 5 апреля 1652 года Иосиф указал царю на место рядом с гробом Иова:
Хотя Иосиф и не был принципиальным противником греков и в своих посланиях к датскому королевичу Вальдемару положительно отзывался о вселенских патриархах и их вере, результаты экспедиции Арсения Суханова заставляли всерьёз задуматься о благочестии современных греков и ещё крепче держаться за церковное предание, освящённое авторитетом Стоглавого собора.
Но реформаторы торопились. Под давлением царя и его духовника патриарх Иосиф вынужден был в 1650 году обращаться для разрешения важных церковных вопросов к константинопольскому патриарху Парфению II как более авторитетному. Реабилитация греков шла полным ходом: незадолго до смерти Иосифа царь приказал во время богослужений на многолетиях поминать вместе с московским патриархом и вселенских греческих патриархов.
Уже собор 1649 года показал, что царь не ставит престарелого патриарха ни во что, позволяя своему духовнику публично его оскорблять. Спустя два года в Соборном уложении 1651 года о единогласном пении патриарх Иосиф с горечью замечает: