Однако рост масштабов экономики, усложнение отраслевой структуры и структуры потребления, исчерпание задач (а равно и возможностей) экстенсивного роста промышленности привели к ослаблению достоинств советской плановой модели и к усугублению ее недостатков. Вместе с усложнением экономики возросла громоздкость бюрократического аппарата. Это не только осложнило проблему формирования сбалансированного плана выпуска и распределения продукции, не только усилило затухание и искажение информации на разных уровнях плановой системы, но и породило тенденцию к выделению отраслевых органов управления с подчиненными им предприятиями в обособленные ведомственные системы со своими интересами. Тем самым была ослаблена способность плановой системы маневрировать ресурсами, исходя из народнохозяйственных интересов. Централизованные плановые решения стали все больше превращаться в продукт борьбы и компромисса ведомственных интересов.
Для советской модели централизованной плановой экономики была характерна так же слабость внутренних стимулов научно-технического прогресса. Основной импульс технического прогресса обеспечивался на вершине системы централизованного планового руководства, через формировав ние и осуществление крупных научно-технических программ и соответствующих инвестиционных решений. Однако на уровне отраслевых структур и предприятий этот импульс резко ослабевал. Нацеленность этих структур на формальные объемные плановые показатели делала техническое обновление производства скорее помехой, нежели средством достижения критериев, задаваемых планом. Поэтому технический прогресс в советской модели принял вид наращивания современного технологического потенциала за счет строительства новых предприятий, и торможения технического обновления производства на уже существующих предприятиях.
Другой характерной проблемой советской модели воспроизводства была экономика дефицита. Ее наиболее общей причиной было отсутствие встроенных в систему надежных критериев сбалансированности производства и потребления. Рыночный механизм сбалансирования спроса и предложения через равновесные цены не действовал, а адекватный плановый механизм не сложился. Бюрократической модели планового хозяйства было чуждо обращение к массе потребителей и создание механизмов контроля потребителей за структурой и качеством выпускаемой продукции. Первоначальные попытки создания подобных механизмов через структуры потребительской кооперации были фактически отброшены уже к началу 30-х годов XX века.
Концентрация экономических решений в руках бюрократии вела и к соответствующему распределению прав собственности. Общественная собственность, вопреки распространенному мнению, не была фикцией. Но распределение правомочий в рамках общественной собственности, как и тот факт, что общественная собственность имела форму, прежде всего, государственной собственности, передавали бюрократии практически все правомочия владения и распоряжения, оставляя трудящимся права пользования и участия в доходе от собственности. Однако и к осуществлению этих прав трудящиеся имели доступ не непосредственно, а через отношения государственного патернализма.
Существо государственного патернализма заключалось в том, что все предоставляемые трудящимся весьма значительные социально-экономические гарантии и льготы они получали только из рук государственных служащих, включая администрацию государственных предприятий. Это касалось и полной занятости, и обеспечения бесплатным или льготным жильем, и субсидирования отдыха и т. д. и т. п. Конфликтный потенциал отношений государственного патернализма особенно остро высвечивался наличием у бюрократии собственной, изолированной системы распределения материальных благ и доступа к социально-экономическим льготам и гарантиям при формально провозглашаемом равенстве. Проблема усугублялась явлениями дефицита на потребительском рынке.
Такой характер отношений собственности вел к нарастающему отчуждению трудящихся от государственной собственности. Она все в меньшей мере воспринималась как своя.
Проблемы советской плановой модели вели к росту бюрократизма, коррупции, теневой экономики. Первоначально эти явления выступали как механизмы, компенсирующие недостатки плановой системы. Рост бюрократического аппарата компенсировал трудности планового управления экономикой в условиях возрастания масштабов и сложности последней. Коррупция компенсировала неповоротливость бюрократии и ее невнимание к реальным нуждам — отдельных людей, или же целых предприятий или организаций. То, что крайне тяжело решалось путем движения дел по официальным каналам, гораздо легче поддавалось решению за взятки. Теневая экономика компенсировала недостатки экономики дефицита, позволяя получить те товары и услуги, которые официальная система снабжения не предоставляла или же предоставляла ценой больших затрат времени и нервов.