После освобождения из тюрьмы у патриарха время от времени случались обмороки, врачи обнаружили у него заболевание почек. Болезни обострялись. В 1925 г. его положили на лечение в частную лечебницу Бакуниных, рядом с Зачатьевским монастырем на Остоженке. Даже пребывая на лечении, он периодически выезжал из нее на службу в храмы Москвы. В один из дней он почувствовал себя хуже и согласился для улучшения самочувствия сделать ему укол морфия. После этого через несколько часов он умер. Мало кто верил в его естественную смерть, ибо за годы советской власти неоднократно пытались совершить насилие над его телом и духом. Отпевали патриарха в большом соборе Донского монастыря. Похоронили его в Донском монастыре в марте 1925 г. Даже после смерти он оставался страшным и опасным для правителей. Место его захоронения хотели постепенно стереть в памяти людей. В 1925 г. тело патриарха Тихона перезахоронили на Введенском кладбище (это само по себе крайнее невежество, – кладбище считалось иноверным, на нем хоронили, в основном не православных людей, а католиков и протестантов; кладбище поэтому еще называли Немецким). В 1946 г., к приезду в Москву вселенских патриархов, останки патриарха Тихона в одну ночь возвратили в отреставрированный Малый собор Донского монастыря.
Только в начале 1990-х гг., с благословения Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигер Алексей Михайлович, род. в 1929 г.), были начаты поиски останков патриарха Тихона. Осенью 1991 г. случился пожар в Донском монастыре, который ускорил ход работ. После снятия гробницы в малом соборе Донского монастыря рабочие обнаружили плиту с надписью «Святейший Патриарх Тихон». В начале 1992 г. состоялось освидетельствование мощей. Патриарх Тихон был канонизирован в 1989 г. (а Русская Православная зарубежная Церковь осуществила канонизацию в 1981 г.). Его мощи покоятся в Донском монастыре в Москве.
Ощущается несомненная, хотя сразу не бросающаяся в глаза связь Святителя Тихона и протоиерея Иоанна Кронштадтского, а еще точнее – символическое предсказание Иоанна Кронштадтского передачи пальмы духовного первенства и роли главного народного духовного наставника и заступника со временем именно этому, тогда еще только Ярославскому архипастырю. В 1908 г. архиепископ Ярославский Тихон посетил уже тяжело больного отца Иоанна Кронштадтского. Они долго сидели рядом, беседовали. Затем отец Иоанн, имевший тогда авторитет главного духовного авторитета России (ему поклонялась вся страна), встал и сказал архиепископу Тихону: «Теперь, Владыка, садись Вы на мое место, а я пойду отдохну». Но в тот день 43-летний Тихон не посмел сесть на место 79-летнего отца Иоанна, который через несколько месяцев, в следующем году, умер. В январе 1909 г. архиепископ Тихон на лошадях добрался до Успенского женского скита и совершил заупокойную Божественную литургию в 40-й день кончины устроителя этого скита протоиерея Иоанна Кронштадтского. Так что существует явная связь великого русского святого протоиерея Иоанна Кронштадтского с Ярославской землей и с другим великим русским святым – патриархом Тихоном.