Царь Петр I был убежденным православным человеком, он часто повторял «Господь превыше всех», для хулителей Церкви при нем были назначены суровые наказания. Петр I уважал Бога, но хотел, чтобы Церковь не вмешивалась в важнейшие мирские дела, прежде всего в государственные и управленческие. Петр I видел в Церкви и духовенстве политического и экономического противника правительства. Он хотел избавиться от опеки российского духовенства, умалить возможности и власть Церкви, ее иерархов. Свершить это было сложно. Церковь была, по сути, государством в государстве, имела огромные богатства, земли, не облагаемые налогами, свое собственное правосудие, крепости-монастыри, крепостных крестьян (к началу XVIII в. Церкви принадлежало 20 % всех российских крестьян). Патриарх, хотя и избирался с одобрения царя, был независимым от него, не подчинялся в России никому. Петр I начал действия по ограничению возможностей Церкви, ее монастырей в период своих Азовских походов. В 1696 г. церковным иерархам запретили проводить сбор неокладных налогов, а монастырям – производить новые хозяйственные постройки. Духовенство стали привлекать к строительству военного флота; для пополнения государственной казны стали нередко изымать деньги из монастырских хранилищ. После смерти патриарха Андриана в 1700 г. Петр I не разрешил выбрать нового патриарха. В феврале 1721 г., как он хотел, был открыт Святейший Правительствующий Синод – государственное учреждение для управления церковными делами, духовная коллегия. Месяцем раньше, в январе 1701 г., был образован Монастырский приказ (во главе его был поставлен светский деятель); этому приказу передали управление церковными и прежде всего монастырскими землями, чем был сделан шаг на пути секуляризации. Государевы чиновники стали наводить «порядок» в церковных владениях; изъятые доходы монастырских хозяйств направили на войну со Швецией. Для изготовления пушек Петр I распорядился снимать монастырские колокола, но из колокольного металла, как вскоре выяснилось, отливать пушки было невозможно. На белое духовенство (не монахов) возложили некоторые фискальные функции. По желанию царя, верующие обязаны были исповедоваться не меньше одного раза в год под угрозой передачи дела ослушавшихся в суд. Церковники стали обязаны доносить властям о бунтарских и других неугодных мыслях, высказанных верующими на исповеди. Петр I велел церковникам нарушать этим тайну исповеди. Учреждение Монастырского приказа сильно ударило по церкви, прежде всего по ее монастырям и вотчинам монастырей. Были установлены 2 вида вотчин: 1) определенные (меньшая часть вотчин), которые могли передавать свои доходы на содержание монастырской братии и 2) заопределенные (большая часть вотчин), которые передавали доход исключительно в руки государства. Монашество было поставлено под жесткий контроль Монастырского приказа, без его ведома нельзя было даже провести пострижение в монахи. Петр I недоброжелательно относился к монашеству, говорил, что большинство монахов «тунеядцы суть»; он хотел, чтобы трудоспособные мужчины были использованы в армии, на флоте, заняты полезными мирскими делами, а не монастырскими. При таком положении дел монастырское благополучие сильно пошатнулось при Петре I. И тем не менее Петр I помогал отдельным монастырям, а временами способствовал основанию, строительству, открытию новых обителей.
