В 1834–1857 гг., т. е. почти 24 года, настоятелем пустыни был архимандрит Игнатий (Д.А. Брянчанинов), ему тогда было 27–50 лет. При нем начался настоящий расцвет этого монастыря, в котором он написал большинство своих духовных сочинений и превратил его в первоклассный и образцовый, в него началось массовое паломничество петербуржцев. Император Николай I неоднократно приезжал в Приморскую пустынь, просил совета и благословения на свои начинания у архимандрита Игнатия, который молился об императоре и его деяниях. Николай I и его современники оценивали святителя Игнатия как наиболее видного духовного авторитета их времени.
Аскет, духовный писатель, богослов Игнатий Брянчанинов (Дмитрий Александрович Брянчанинов, 1807–1867 гг.) происходил из славного дворянского рода, он с детства хотел быть монахом, но по настоянию отца поступил в возрасте 15 лет учиться в военное учебное заведение – Инженерное училище в Петербурге, которое с успехом окончил. Служба его мало интересовала, все свои силы он отдавал литературному творчеству. Из военного училища он был выпущен инженер-прапорщиком, но по болезни вышел в отставку в чине поручика. Он получил от императора Николая I разрешение перейти в духовное звание, прошел послушание в ряде монастырей. В 24 года он принял постриг в Вологде с именем Игнатий. В 25 лет он был назначен настоятелем Пельшемского Лотова монастыря, в 26 лет был возведен в сан игумена, а в 27 лет – в сан архимандрита и назначен настоятелем Троице-Сергиевой пустыни (согласно желанию Николая I, который поручил ему сделать из пустыни образцовый монастырь), в 50 лет – епископом Ставрополя. В возрасте 54 лет, когда его здоровье резко ухудшилось, он ушел на покой и поселился в Николо-Бабаевском монастыре Костромской епархии, где и умер. Всю свою земную жизнь он упорно трудился на литературном поприще. Святитель Игнатий Брянчанинов оставил богатое литературно-богословское наследие, основанное на древних традициях Святого Православия. И. Брянчанинов был канонизирован, с 1988 г. его святые мощи покоятся в Толгском монастыре в Ярославской области.
Епископ Игнатий (Брянчанинов). Портрет второй пол. XIX в.
В 1857–1897 гг. настоятелем монастыря был архимандрит Игнатий (Иван Васильевич Малышев, 1811–1898), духовный сын Игнатия Брянчанинова (с 1833 г. его келейник, по его настоянию был отправлен на учебу в Академию художеств), церковный художник и публицист. В 1842 г. И.В. Малышев был пострижен в мантию, в 1844 г. принял священный сан, поддерживал живших в «пустыне» двух его братьев. Он окончил кроме Духовной академии Императорскую академию художеств, написал для церкви Воскресения этой пустыни более 70 икон, при нем в пустыни возвели 50 зданий, жили 46 (1867 г.) – 50 монахов. Отец Игнатий (Малышев) в сотрудничестве с архитектором А.А. Парландом создал Воскресенский собор, или «Спас-на-Крови» в Петербурге; архимандрит Игнатий составил программу и эскиз собора.